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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3miw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rotavirus NSP4 | ||||||
要素 | Non-structural glycoprotein 4 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / ROTAVIRUS ENTEROTOXIN / NON STRUCTURAL PROTEIN / NSP4 / PENTAMERIC COILED COIL / VIRULENCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host caveola / host cell rough endoplasmic reticulum membrane / : / : / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 / induction by virus of host autophagy ...host caveola / host cell rough endoplasmic reticulum membrane / : / : / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 / induction by virus of host autophagy / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human rotavirus G4 (ロタウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chacko, A.R. / Read, R.J. / Dodson, E.J. / Rao, D.C. / Suguna, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: A new pentameric structure of rotavirus NSP4 revealed by molecular replacement. 著者: Chacko, A.R. / Jeyakanthan, J. / Ueno, G. / Sekar, K. / Rao, C.D. / Dodson, E.J. / Suguna, K. / Read, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3miw.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3miw.ent.gz | 78.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3miw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/3miw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/3miw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6505.740 Da / 分子数: 10 / 断片: DIARRHEA-INDUCING DOMAIN (UNP RESIDUES 95-146) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rotavirus G4 (ロタウイルス) 株: strain St. Thomas 3 / 遺伝子: G10 / プラスミド: PET22B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q82035 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% Dioxane v/v, 0.1 M MES, 1.6 M Ammonium Sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月5日 / 詳細: RH COATED BENT SI (1 1 1) MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.499 |
反射 | 解像度: 2.5→28.382 Å / Num. all: 16272 / Num. obs: 16272 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.21 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 74.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→28.382 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 58.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 88.164 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.382 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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