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- PDB-2o1j: Structure of the extended diarrhea-inducing domain of rotavirus e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o1j
タイトルStructure of the extended diarrhea-inducing domain of rotavirus enterotoxigenic protein NSP4
要素Nonstructural protein NSP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus enterotoxin / Non structural protein / NSP4 / tetrameric coiled coil / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / channel activity / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated activation of host autophagy / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus non-structural protein 4 / Rotavirus non structural protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonstructural protein NSP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus str. (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Suguna, K. / Durga Rao, C. / Deepa, R.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the extended diarrhea-inducing domain of rotavirus enterotoxigenic protein NSP4
著者: Deepa, R. / Durga Rao, C. / Suguna, K.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein NSP4
B: Nonstructural protein NSP4
C: Nonstructural protein NSP4
D: Nonstructural protein NSP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4985
ポリマ－25,4584
非ポリマー401
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.614, 180.432, 48.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Nonstructural protein NSP4


分子量: 6364.456 Da / 分子数: 4 / 断片: diarrhea-inducing domain (residues 95-146) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus str. (ウイルス) / 生物種: Rotavirus A / 株: I321 / 遺伝子: G10 / プラスミド: pET22b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: Q9PYC1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0M potassium sodium tetra hydrate, 0.1M HEPES, KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月15日 / 詳細: osmic mirror
放射モノクロメーター: CU Kalpha / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→37.8 Å / Num. obs: 5847 / % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 833 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0009精密化
MAR345345DTBデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 201K

201k


解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 33.786 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.863 / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31377 269 4.6 %RANDOM
Rwork0.24769 ---
obs0.25067 5545 94.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2---4.41 Å20 Å2
3---3.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1328 0 1 11 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9911.9951786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.865170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2724.850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.68915271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4141511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7011.5902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25721380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0333481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.644.5406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 11 -
Rwork0.335 385 -
obs--94.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.194-8.4567-0.365739.82226.77693.403-0.2082-0.2913-0.14260.75240.4128-0.21810.11720.2369-0.20450.0538-0.0354-0.05620.2625-0.0270.057639.015126.53229.949
23.38188.57462.139570.272714.29894.3135-0.16040.1836-0.0419-0.54550.378-0.3940.01170.2227-0.21750.06720.0359-0.09540.18550.0013-0.070641.146125.56421.438
33.6375.8179-0.029228.5205-4.322.2097-0.02220.3527-0.4012-0.28230.4219-0.28960.209-0.2123-0.39970.13790.0034-0.0740.2866-0.12220.048632.629126.48119.764
43.9178-6.58672.308843.2512-9.64043.8934-0.3398-0.2835-0.22010.77310.48970.44490.0849-0.2914-0.14990.0215-0.05540.00830.197-0.0819-0.00330.512125.6528.332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA95 - 1381 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2BB95 - 1371 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3CC95 - 1381 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4DD95 - 1371 - 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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