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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mg9 | |||||||||
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タイトル | Teg 12 Binary Structure Complexed with the Teicoplanin Aglycone | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / SULFOTRANSFERASE / GLYOPEPTIDE / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | UNCULTURED SOIL BACTERIUM (環境試料) NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Crystal Structures of the Glycopeptide Sulfotransferase Teg12 in a Complex with the Teicoplanin Aglycone. 著者: Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mg9.cif.gz | 128.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mg9.ent.gz | 97.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mg9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mg9_validation.pdf.gz | 470.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mg9_full_validation.pdf.gz | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mg9_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mg9_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32188.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) UNCULTURED SOIL BACTERIUM (環境試料) 遺伝子: TEG1, TEG12 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7T1D7, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類 | ||||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE ...TEICOPLANI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 % |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 10MG/ML PROTEIN. 1:1 UL HANGING DROPS. 1.0M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 1MM TEICOPLANIN AGLYCONE, 25 MM CHES, PH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月9日 |
放射 | モノクロメーター: VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING MIRRORS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.266→50 Å / Num. obs: 16630 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.0868 / Rsym value: 0.0868 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OV8 解像度: 2.27→34.32 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.09 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→34.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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