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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mbz | ||||||
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タイトル | OXA-24 beta-lactamase complex soaked with 10mM SA4-17 inhibitor for 15min | ||||||
要素 | Betalactamase OXA24 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / beta-lactamase inhibitor / Hydrolase (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sampson, J. / van den Akker, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: Design, synthesis, and crystal structures of 6-alkylidene-2'-substituted penicillanic acid sulfones as potent inhibitors of Acinetobacter baumannii OXA-24 carbapenemase 著者: Bou, G. / Santillana, E. / Sheri, A. / Beceiro, A. / Sampson, J.M. / Kalp, M. / Bethel, C.R. / Distler, A.M. / Drawz, S.M. / Pagadala, S.R. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A. / Romero, A. / Buynak, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mbz.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mbz.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mbz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27586.660 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-275 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-33, blaOXA-40, oxa-24, oxa40 プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8RLA6, Β-ラクタマーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-MXC / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2M (NH3)2SO4, 0.1M Tris pH 8.5, room temperature, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.29 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日 詳細: vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator |
放射 | モノクロメーター: vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.29 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 14760 / Num. obs: 13786 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1434 / % possible all: 59.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→32.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 6.906 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.762 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.602→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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