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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m9f | ||||||
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タイトル | HIV protease complexed with compound 10b | ||||||
要素 | HIV-1 protease | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / protease (プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Su, H.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010 タイトル: Epsilon substituted lysinol derivatives as HIV-1 protease inhibitors. 著者: Jones, K.L. / Holloway, M.K. / Su, H.P. / Carroll, S.S. / Burlein, C. / Touch, S. / DiStefano, D.J. / Sanchez, R.I. / Williams, T.M. / Vacca, J.P. / Coburn, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m9f.cif.gz | 93.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m9f.ent.gz | 72.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m9f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 7-105 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WFL7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: NaCl, pH 5.3, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 20865 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.218 / WRfactor Rwork: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 5.175 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / SU Rfree: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 35.81 Å2 / Biso mean: 11.889 Å2 / Biso min: 3.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
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