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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m0r | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the R21D mutant of alpha-spectrin SH3 domain. Crystal obtained in ammonium sulphate at pH 6. | ||||||
要素 | Spectrin alpha chain, brain | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / SH3-like barrel / Actin capping / Actin-binding / Calmodulin-binding / Cytoskeleton (細胞骨格) / Phosphoprotein / SH3 domain (SH3ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Understanding the polymorphic behaviour of a mutant of the alpha-spectrin SH3 domain by means of two 1.1 A structures 著者: Camara-Artigas, A. / Gavira, J.A. / Casares, S. / Garcia-Ruiz, J.M. / Conejero-Lara, F. / Allen, J.P. / Martinez, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m0r.cif.gz | 42 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m0r.ent.gz | 28.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m0r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7187.138 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain (UNP residues 965 to 1025) / 変異: R21D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.8 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: CCD ADSC_Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→31.799 Å / Num. all: 29563 / Num. obs: 28144 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 36.394 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 2867 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 98.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1SHG 解像度: 1.1→18.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9 / SU B: 0.76 / SU ML: 0.017 / SU R Cruickshank DPI: 0.032 / SU Rfree: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.49 Å2 / Biso mean: 14.168 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→18.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.102→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
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