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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lz5 | ||||||
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タイトル | Human aldose reductase mutant T113V complexed with IDD594 | ||||||
要素 | Aldose Reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / T113V mutant / oxidoreductase / TIM barrel / NADP / Phosphoprotein / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95 Å | ||||||
データ登録者 | Koch, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Tracing the detail: how mutations affect binding modes and thermodynamic signatures of closely related aldose reductase inhibitors 著者: Koch, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lz5.cif.gz | 161.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lz5.ent.gz | 125.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lz5_validation.pdf.gz | 1005.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lz5_full_validation.pdf.gz | 1005.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lz5_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lz5_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lz5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35896.367 Da / 分子数: 1 / 変異: T113V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: alr2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD / 参照: UniProt: P15121, aldose reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-LDT / |
#4: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS SEQUENCE CONFLICT HAS BEEN DESCRIBED IN J BIOL CHEM 1989 SEP 5; 264(25): 14775-7 BY CHUNG S, ...THIS SEQUENCE CONFLICT HAS BEEN DESCRIBED IN J BIOL CHEM 1989 SEP 5; 264(25): 14775-7 BY CHUNG S, ET AL., PUBMED ID 2504709 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 6000, 120mM ammonium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日 / 詳細: silicon, Rh-coated |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.95→20 Å / Num. all: 184645 / Num. obs: 184645 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 0.95→0.97 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 7801 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 81 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95→20 Å / Num. parameters: 27818 / Num. restraintsaints: 35880 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 2466 / Occupancy sum non hydrogen: 2946.22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→20 Å
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拘束条件 |
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