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- PDB-3ly9: Crystal structure of mutant D471N of the periplasmic domain of CadC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ly9
タイトルCrystal structure of mutant D471N of the periplasmic domain of CadC
要素Transcriptional activator cadC
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha/beta domain / alpha domain / Activator / DNA-binding / Membrane (生体膜) / Transcription regulation / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / デオキシリボ核酸 / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11830 / CadC C-terminal domain 1 / CadC C-terminal domain 1 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Rossmann fold - #11830 / CadC C-terminal domain 1 / CadC C-terminal domain 1 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator CadC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Eichinger, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the sensory domain of Escherichia coli CadC, a member of the ToxR-like protein family.
著者: Eichinger, A. / Haneburger, I. / Koller, C. / Jung, K. / Skerra, A.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator cadC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8951
ポリマ－41,8951
非ポリマー00
水2,054114
1
A: Transcriptional activator cadC

A: Transcriptional activator cadC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7902
ポリマ－83,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area28760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.730, 79.730, 126.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional activator cadC


分子量: 41895.074 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 188-512 / 変異: D471N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: b4133, cadC, JW4094 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P23890
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1 M Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→69.05 Å / Num. obs: 24083 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.262 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured obs: 15212 / Num. unique all: 2963 / Num. unique obs: 2963 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LY7

3ly7


解像度: 2.2→69.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.83 / SU B: 5.161 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.24 / SU Rfree: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1228 5.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.23 ---
obs0.23 24043 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.49 Å2 / Biso mean: 33.603 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å2-0.73 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→69.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2556 0 0 114 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.9583542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8655321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39925.242124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13115454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9661.51607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75722599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66131000
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0494.5943
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 74 -
Rwork0.271 1704 -
all-1778 -
obs-1704 99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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