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- PDB-3lya: Crystal structure of the periplasmic domain of CadC in the presen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lya
タイトルCrystal structure of the periplasmic domain of CadC in the presence of K2ReCl6
要素Transcriptional activator cadC
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha/beta domain / alpha domain / Activator / DNA-binding / Transcription regulation / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11830 / CadC C-terminal domain 1 / CadC C-terminal domain 1 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Rossmann fold - #11830 / CadC C-terminal domain 1 / CadC C-terminal domain 1 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Alpha Horseshoe / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rhenium (IV) hexachloride / Transcriptional activator CadC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eichinger, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the sensory domain of Escherichia coli CadC, a member of the ToxR-like protein family.
著者: Eichinger, A. / Haneburger, I. / Koller, C. / Jung, K. / Skerra, A.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator cadC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,27917
ポリマ－41,8961
非ポリマー6,38316
水61334
1
A: Transcriptional activator cadC
ヘテロ分子

A: Transcriptional activator cadC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,55834
ポリマ－83,7922
非ポリマー12,76632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2900 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.561, 80.561, 199.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-5-

RHE

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional activator cadC


分子量: 41896.059 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 188-512 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The plasmid encodes a fusion protein comprising bacterial thioredoxin, a double His6-tag interspersed with a thrombin and an enterokinase cleavage site, and the CadC fragment comprising ...詳細: The plasmid encodes a fusion protein comprising bacterial thioredoxin, a double His6-tag interspersed with a thrombin and an enterokinase cleavage site, and the CadC fragment comprising residues 188-512. Amino acid numbering of the crystal structure corresponds to the original numbering of the full length CadC protein sequence.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: b4133, cadC, JW4094 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P23890
#2: 化合物
ChemComp-RHE / rhenium (IV) hexachloride / hexachlororhenate ion / 六塩化レニウム


分子量: 398.925 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl6Re
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 6 % (v/v) 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.17652, 1.17705, 1.07813
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.176521
21.177051
31.078131
Reflection冗長度: 14.1 % / Av σ(I) over netI: 6.2 / 数: 247813 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / D res high: 2.3 Å / D res low: 69.768 Å / Num. obs: 17592 / % possible obs: 99
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.2739.4998.310.0460.04611.7
5.147.2799.910.0570.05713.2
4.25.1499.610.0690.06913.7
3.644.299.610.0830.08313.9
3.253.6499.310.0830.08314.2
2.973.2599.110.1060.10614.2
2.752.9799.110.1370.13714.3
2.572.7598.810.1950.19514.4
2.422.5798.610.2610.26114.4
2.32.4298.410.3550.35514.5
反射解像度: 2.3→69.77 Å / Num. all: 17592 / Num. obs: 17592 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→69.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.257 / SU ML: 0.157 / SU R Cruickshank DPI: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27134 897 5.1 %RANDOM
Rwork0.22984 ---
obs0.2319 16693 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→69.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 112 34 2674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7522.0263745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8125317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.37525.366123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.15315449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7611511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8851.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59822568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.16731088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8884.51177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 71 -
Rwork0.253 1170 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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