PDB-3lvu: Crystal structure of ABC transporter, periplasmic substrate-bindi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lvu

タイトル

Crystal structure of ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein SPO2066 from Silicibacter pomeroyi

要素

ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ATP-binding cassette transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MCSG / PSI-2 /

ABC transporter / periplasmic substrate-binding protein /

Silicibacter pomeroyi /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Silicibacter pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Chang, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein SPO2066 from Silicibacter pomeroyi
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lvu.cif.gz	226.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lvu.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jqn-d 4gu8-1 5x5v-d 2i82-3 4gu8-4 3w68-5 2pkd-3 4gu8-6 4gu8-2 2pkd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63764.3

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC63764.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.384, 75.517, 78.477
Angle α, β, γ (deg.)	82.63, 80.29, 77.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein / ATP-binding cassette transporter 分子量: 28635.301 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 314-568 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア) 遺伝子: SPO2066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q5LRQ9

#1: タンパク質

ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein /

ATP-binding cassette transporter

分子量: 28635.301 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 314-568 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
遺伝子: SPO2066 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q5LRQ9

-
非ポリマー , 5種, 750分子

#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム / トリグリム分子量: 178.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium iodide, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 97131 / Num. obs: 94748 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 2293 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.401 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.121
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20476	4666	5 %	RANDOM
R_work	0.16905	-	-	-
all	0.17084	93537	-	-
obs	0.17084	93537	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	-0.36 Å²	0.88 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0.03 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7977	0	76	726	8779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.971	11600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.301	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.927	22.388	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.772	15	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.48	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.842	1.5	5327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.512	2	8531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.548	3	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.021	4.5	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.794→1.84 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	295	-
R_work	0.271	5863	-
obs	-	6158	84.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7321	-0.0213	-0.0389	0.9533	-0.3877	2.1944	-0.0736	0.111	0.0685	-0.0986	0.0413	-0.008	-0.0259	-0.12	0.0324	0.0669	-0.0331	0.0139	0.037	-0.0061	0.0298	48.6373	61.6794	30.3775
2	1.3376	1.03	0.5978	1.4644	0.2068	2.3491	-0.0404	0.0314	-0.0196	-0.0735	-0.0075	-0.1163	-0.3333	0.0451	0.0479	0.0852	-0.0124	0.0168	0.0078	0.0048	0.0448	54.6022	75.6158	38.8108
3	0.8685	0.0767	-0.402	0.594	-0.8008	1.6956	-0.0891	0.0784	-0.0611	-0.1441	0.0574	-0.034	0.1953	-0.0574	0.0316	0.1029	-0.0409	0.0203	0.0321	-0.0241	0.0204	49.5908	53.6576	26.5097
4	1.1384	0.4273	0.2588	1.3656	0.1168	0.8999	0.0001	-0.0783	0.0299	0.0181	-0.0238	-0.05	-0.0952	-0.0664	0.0237	0.0475	-0.0013	0.0047	0.0484	-0.0019	0.0395	50.6132	67.8724	46.7408
5	1.2458	-0.5054	-0.4969	1.2828	0.0852	0.5321	0.0051	-0.0616	0.0342	-0.0888	0.0398	-0.0956	0.0018	0.1053	-0.0449	0.0127	-0.0045	0.0142	0.0929	-0.0005	0.0728	68.0719	76.9075	-6.3962
6	2.9889	0.4938	0.0119	0.9693	0.424	2.0865	-0.1182	0.0024	-0.0962	-0.0688	-0.0494	0.036	0.0859	0.0344	0.1676	0.0371	0.0232	0.015	0.0174	0.003	0.0581	54.8681	64.8065	-6.2308
7	0.8054	-0.428	-0.4636	1.5165	0.5453	1.6756	0.0142	-0.0378	0.1305	-0.1135	0.114	-0.2318	-0.1108	0.2566	-0.1282	0.0145	-0.025	0.0199	0.0968	0.0089	0.0999	72.3814	83.658	-9.7595
8	0.4637	0.295	0.0404	1.9459	0.1759	0.9944	0.029	0.0028	-0.0282	0.042	-0.0647	0.1949	-0.0457	-0.0249	0.0357	0.0103	0.0157	-0.0067	0.065	-0.0109	0.0677	51.3569	75.1362	-0.6082
9	1.2184	0.0384	-0.6306	1.5066	0.3629	0.8265	0.0113	0.0466	-0.03	0.056	-0.0434	0.0971	0.0199	-0.0562	0.0321	0.032	0.0158	0.0003	0.0555	0.0047	0.0623	60.8871	39.5459	-15.4989
10	1.4887	-0.9921	-0.3997	1.9012	0.8735	1.4836	-0.11	0.0156	-0.1139	0.2188	0.0266	0.1549	0.0383	-0.0314	0.0834	0.0492	-0.0077	0.0135	0.0195	0.0191	0.0504	68.4553	23.8143	-15.8326
11	1.7644	0.6651	-0.7378	1.0172	-0.3201	1.2508	0.1284	0.0003	0.1415	0.1346	-0.0045	0.1218	-0.0832	-0.0427	-0.1239	0.0455	0.0231	0.0173	0.0215	0.0009	0.0383	59.6645	47.3515	-11.5705
12	0.5787	-0.283	0.094	1.6686	0.101	0.8848	-0.0235	0.0337	-0.0509	-0.029	0.0764	-0.1146	0.0105	-0.0111	-0.0529	0.0325	0.0018	-0.0039	0.0667	0.0142	0.0563	75.1732	31.1399	-21.8185
13	0.9491	-0.5453	-0.2997	1.6505	0.6224	2.5413	-0.0944	-0.0916	0.033	0.23	0.0707	-0.0228	0.0921	0.1909	0.0236	0.1055	0.0045	-0.0065	0.0446	0.0008	0.0156	36.852	25.5416	24.3456
14	1.2382	-0.6256	0.0522	2.614	-0.6263	2.2878	0.1205	-0.0382	0.0623	0.031	-0.0391	0.0001	-0.2663	0.075	-0.0814	0.0694	-0.0236	0.0105	0.012	-0.0091	0.0205	37.3451	40.8729	15.7146
15	0.9313	-0.0769	-0.0616	1.2981	1.41	1.8684	-0.0726	-0.0371	-0.0781	0.3352	-0.0149	0.0999	0.2946	-0.0085	0.0875	0.1659	-0.0177	0.0286	0.0376	0.0272	0.0336	32.8449	18.6722	27.9994
16	0.8356	-0.1931	-0.3679	1.7704	0.1217	0.6702	0.0477	0.0416	0.0398	-0.1192	-0.0302	-0.0422	-0.0978	0.0233	-0.0175	0.0766	-0.0016	-0.0064	0.0484	-0.0085	0.0274	37.8564	32.0284	7.9179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	311 - 354
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	355 - 398
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	399 - 493
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	494 - 568
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	311 - 354
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	355 - 398
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	399 - 493
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	494 - 568
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	311 - 354
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	355 - 398
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	399 - 493
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	494 - 568
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	311 - 354
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	355 - 398
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	399 - 493
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	494 - 568

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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