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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lae | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of a functionally unknown conserved protein from Haemophilus influenzae Rd KW20 | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / APC85784.2 / conserved protein / Haemophilus influenzae Rd KW20 / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / CBS domain (CBSドメイン) / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.453 Å | |||||||||
データ登録者 | Tan, K. / Li, H. / Bargassa, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a functionally unknown conserved protein from Haemophilus influenzae Rd KW20 著者: Tan, K. / Li, H. / Bargassa, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lae.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lae.ent.gz | 40.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lae.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3lae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3lae | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9164.869 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 343-420 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: Rd KW20 / 遺伝子: HI0107 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57017 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 335.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Peptide fragment of unknown source, its sequence has been assigned according to electron density | ||
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.4M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1M Imidazole, 0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月30日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→28 Å / Num. all: 14271 / Num. obs: 14271 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 38.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 664 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.453→27.692 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.026 Å2 / ksol: 0.433 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.453→27.692 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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