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- PDB-3l47: Crystal Structure of the Anopheles gambiae Odorant-binding Protein 22a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l47
タイトルCrystal Structure of the Anopheles gambiae Odorant-binding Protein 22a
要素Odorant binding protein (AGAP010409-PA)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / all alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / response to stimulus / sensory perception of smell
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Ren, H. / Zhang, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structures of an Anopheles gambiae Odorant-binding Protein AgamOBP22a and complexes with bound Odorants
著者: Ren, H. / Yang, G. / Winberg, G. / Turin, L. / Mershin, A. / Zhang, S.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant binding protein (AGAP010409-PA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4373
ポリマ－16,0431
非ポリマー3942
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.871, 37.920, 43.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-174-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Odorant binding protein (AGAP010409-PA) / Odorant-binding protein OBPjj83b


分子量: 16043.329 Da / 分子数: 1 / 断片: AgamOBP22a, UNP residues 22-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
株: PEST / 遺伝子: AgamOBP22a, AGAP010409, OBP22, OBPjj83b / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-STAR-pLysS / 参照: UniProt: Q7PGA3
#2: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium citrate tribasic, MPD, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 4107 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 4.192 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.546.10.142092.53899.5
2.54-2.5960.1251963100
2.59-2.6460.1082052.712100
2.64-2.696.20.1112033.004100
2.69-2.7560.1052052.969100
2.75-2.826.20.0891883.044100
2.82-2.896.30.0922233.145100
2.89-2.966.20.091883.376100
2.96-3.056.20.0822113.552100
3.05-3.156.30.0732003.23799.5
3.15-3.266.10.0712064.218100
3.26-3.396.30.0642114.06699.5
3.39-3.556.40.0641924.398100
3.55-3.736.20.0532183.99399.5
3.73-3.976.30.0552044.54799.5
3.97-4.276.30.0491984.48899
4.27-4.76.10.052025.1999.5
4.7-5.386.20.0512125.39299.5
5.38-6.766.20.0612147.53699.5
6.76-305.70.0522229.18100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.75 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.55 / 反射: 4096 / Reflection acentric: 3717 / Reflection centric: 379
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.2-29.8280.860.880.7818914445
4.5-7.20.860.890.6755848375
3.6-4.50.850.880.5969863266
3.1-3.60.790.820.4367962257
2.7-3.10.690.710.481235114392
2.5-2.70.620.630.4273769344

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.506→29.828 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.56 / SU ML: 2.11 / σ(F): 0.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 408 10.03 %
Rwork0.18 --
obs0.185 4069 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.636 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.74 Å2 / Biso mean: 24.832 Å2 / Biso min: 14.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.466 Å20 Å23.583 Å2
2---1.114 Å20 Å2
3---1.398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.506→29.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 0 2 39 914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1561204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.034318
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.506-2.8680.2641330.19511971330139397
2.868-3.6130.2161350.17312111346134699
3.613-29.830.2131400.17612531393133099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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