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万見
- PDB-2d58: Human microglia-specific protein Iba1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d58
タイトルHuman microglia-specific protein Iba1
要素Allograft inflammatory factor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / parallel actin filament bundle assembly / positive regulation of fibroblast growth factor production / actin crosslink formation / ruffle assembly / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / phagocytosis, engulfment ...negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / parallel actin filament bundle assembly / positive regulation of fibroblast growth factor production / actin crosslink formation / ruffle assembly / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / phagocytosis, engulfment / Rac protein signal transduction / actin filament bundle assembly / glial cell projection / phagocytic cup / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T cell migration / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / ruffle / actin filament polymerization / actin filament / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / actin filament binding / lamellipodium / regulation of gene expression / cellular response to oxidative stress / positive regulation of cell migration / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Allograft inflammatory factor 1 / : / Allograft inflammatory factor 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Allograft inflammatory factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kamitori, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: X-ray Structures of the Microglia/Macrophage-specific Protein Iba1 from Human and Mouse Demonstrate Novel Molecular Conformation Change Induced by Calcium binding
著者: Yamada, M. / Ohsawa, K. / Imai, Y. / Kohsaka, S. / Kamitori, S.
履歴
登録2005年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allograft inflammatory factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3972
ポリマ－12,3381
非ポリマー591
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.748, 36.617, 44.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Allograft inflammatory factor 1 / AIF-1 / Ionized calcium-binding adapter molecule 1 / G1 protein


分子量: 12338.285 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55008
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 10% (w/v) 2-propanol, 0.01M NiCl2 in 100mM of Tris-HCl (pH 7.3), VAPOR DIFFUSION, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月28日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.24 Å / Num. all: 7462 / Num. obs: 7462 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.76
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→31.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 116478.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 798 10.7 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 7462 97.4 %-
all-7462 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6003 Å2 / ksol: 0.350076 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å22.66 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---1.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数861 0 1 107 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.262.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.21 1142 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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