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- PDB-3l2r: Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l2r
タイトルCrystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3'
  • Integraseインテグラーゼ
キーワードRECOMBINATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / TETRAMER (四量体) / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE (ヌクレアーゼ) / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS (細胞核) / TRANSFERASE (転移酵素) / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION (ウイルス) / ZINC (亜鉛) / DNA-BINDING / ZINC BINDING (亜鉛) / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / RECOMBINATION (遺伝的組換え) / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / タンパク質分解 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アンモニウム / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Hare, S. / Gupta, S.S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer
著者: Hare, S. / Gupta, S.S. / Valkov, E. / Engelman, A. / Cherepanov, P.
履歴
登録2009年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,53413
ポリマ－99,9424
非ポリマー5939
水21612
1
A: Integrase
B: Integrase
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子

A: Integrase
B: Integrase
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,06826
ポリマ－199,8838
非ポリマー1,18518
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area23290 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area54070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.480, 158.480, 124.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLYSLYSAA119 - 200122 - 203
21GLNGLNLYSLYSBB119 - 200122 - 203
12LYSLYSTYRTYRAA241 - 257244 - 260
22LYSLYSTYRTYRBB241 - 257244 - 260
13TYRTYRASPASPAA263 - 273266 - 276
23TYRTYRASPASPBB263 - 273266 - 276

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrase / インテグラーゼ / IN / p42In


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 株: HSRV2 / 遺伝子: POL / プラスミド: pSSH6P-PFV-INFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P14350

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*A)-3'


分子量: 5864.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 19 nucleotide preprocessed PFV donor DNA
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3'


分子量: 5163.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 17 nucleotide preprocessed PFV donor DNA

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 % / Mosaicity: 0.38 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50mM Mes-NaOH, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2009年10月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→38.999 Å / Num. all: 35972 / Num. obs: 35972 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.12
反射 シェル解像度: 2.88→3.04 Å / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3DLR; 1EX4 CHAIN A RESIDUES 223-266; 7bp B-DNA

3dlr

1ex4


解像度: 2.88→38.999 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 22.788 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22232 1777 4.9 %RANDOM
Rwork0.20202 ---
obs0.20305 34156 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----3.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→38.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 732 34 12 4928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6572.1567124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4345526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29423.588170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.2415682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0421522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0223601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5381.52657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06224340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59132455
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7014.52784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 856 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.360.5
medium thermal0.752
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.954 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 116 -
Rwork0.353 2501 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21680.7362.52721.17511.34345.44440.10940.0275-0.2133-0.1702-0.34180.41380.123-0.66470.23250.2913-0.1219-0.07790.3622-0.10730.3051-67.98727.057-55.632
21.1940.14290.33951.96040.44662.274-0.1157-0.2261-0.0770.08490.03250.03690.2908-0.05180.08310.1665-0.05270.07840.25830.04950.0729-35.27439.022-5.283
32.6004-0.7336-0.55980.25950.31897.153-0.2789-0.2314-0.47080.1441-0.05880.16480.833-0.360.33770.3911-0.26660.09710.3870.06370.3166-54.39727.118-27.338
43.8276-0.17810.19071.5132-0.76412.7364-0.0173-0.5609-0.14720.3201-0.0080.0170.29970.02160.02520.2640.00320.0580.46660.02430.0362-24.54137.20815.367
50.10170.5235-0.18326.67870.39151.74630.0463-0.04660.06070.2165-0.04050.2525-0.1829-0.2075-0.00580.1776-0.0416-0.01520.2179-0.00560.161-43.01461.313-15.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2A112 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3A309 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4B112 - 308
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 19
6X-RAY DIFFRACTION5D1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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