PDB-3kxr: Structure of the cystathionine beta-synthase pair domain of the p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kxr

タイトル

Structure of the cystathionine beta-synthase pair domain of the putative Mg2+ transporter SO5017 from Shewanella oneidensis MR-1.

要素

Magnesium transporter, putative

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

cystathionine beta-synthase / Mg2+ transporter /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Fratczak, Z. / Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the cystathionine beta-synthase pair domain of the putative Mg2+ transporter SO5017 from Shewanella oneidensis MR-1.
著者: Fratczak, Z. / Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.

履歴

登録	2009年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kxr.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kxr.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kxr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6iot-2 3lor-d 6ior-2 1zke-4 6o55-d 6ior-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC65312.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Magnesium transporter, putative

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnesium transporter, putative

ヘテロ分子

A: Magnesium transporter, putative

ヘテロ分子

A: Magnesium transporter, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.596, 103.596, 134.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Magnesium transporter, putative / 分子量: 23752.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 遺伝子: SO_1565 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8EGN5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG3350 25%,di-Na-Tartrate 0.2M,Tris0.1M pH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 10867 / Num. obs: 10867 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 61.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 57.071
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 18.3 % / R_merge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 537 / R_sym value: 0.878 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0072	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.41→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 15.798 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.206
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	517	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	0.191	10835	-	-
obs	0.191	10835	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.86 Å²	-0.93 Å²	0 Å²
2-	-	-1.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1364	0	2	30	1396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.963	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.789	5	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.858	24.384	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.647	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.58	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	2	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.603	3	534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.147	4.5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.48 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	36	-
R_work	0.269	722	-
obs	-	-	98.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7321	-0.8743	1.8538	1.797	0.0422	0.7723	0.0687	0.0031	-0.4893	-0.1602	0.0519	0.1087	0.034	0.0781	-0.1206	0.0624	0.0215	0.0273	0.1239	-0.0794	0.1778	-2.5133	14.6918	35.6545
2	3.2752	-1.2651	0.473	1.9356	0.1916	1.3782	0.1167	0.0626	0.1573	-0.0628	-0.0698	0.0338	0.118	0.1366	-0.0468	0.0542	0.0164	-0.0069	0.0955	-0.0262	0.0323	27.0446	7.6532	34.6479
3	3.2395	0.1389	0.1813	3.4853	0.5564	5.6192	0.0257	-0.1975	0.5638	-0.068	0.0535	0.0699	-0.3401	0.124	-0.0792	0.0426	0.0224	0.0017	0.0679	-0.0622	0.1911	20.9081	21.6665	32.9689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	125 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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