[日本語] English
万見
- PDB-6o55: Crystal Structure of N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide muta... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o55
タイトルCrystal Structure of N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase (PurE) from Legionella pneumophila
要素N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
キーワードISOMERASE / SSGCID / mutase / carboxylase / phosphorobosylaminoimidazole carboxylase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structure-Guided Discovery of N 5 -CAIR Mutase Inhibitors.
著者: Belfon, K.K.J. / Sharma, N. / Zigweid, R. / Bolejack, M. / Davies, D. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / French, J.B.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
C: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
D: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,01815
ポリマ－74,3104
非ポリマー70811
水10,899605
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area30150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.280, 88.560, 52.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-394-

HOH

21A-412-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase


分子量: 18577.426 Da / 分子数: 4 / 断片: LepnA.01377.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: purE, lpg0218 / プラスミド: LepnA.01377.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5ZYZ3, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: LepnA.01377.a.B1.PS38521 at 19 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG-1(a3): 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate/potassium phosphate pH 6.2, 10% (w/v) PEG 8000. Tray: 305565a3, puck: ywm0-1.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月7日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.336 Å / Num. obs: 63895 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.689 % / Biso Wilson estimate: 27.015 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 16.68 / Num. measured all: 235703 / Scaling rejects: 53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.743.6050.6032.447480.8610.7199.8
1.74-1.793.6850.4563.1545470.9220.53499.8
1.79-1.843.6830.3374.1244570.9550.39499.6
1.84-1.93.6920.2515.4343790.9750.29599.3
1.9-1.963.6870.1996.9541810.980.23399.5
1.96-2.033.7070.1478.8940270.9880.17299.4
2.03-2.113.7110.11611.0739620.9910.13699.3
2.11-2.193.7140.09512.8937700.9940.11199.4
2.19-2.293.6250.08814.8436040.9940.10499.1
2.29-2.43.7070.06717.8134800.9960.07899.4
2.4-2.533.7270.05620.8432850.9970.06599.7
2.53-2.693.7270.04823.4931330.9970.05699.8
2.69-2.873.7170.04426.6229440.9970.05299.5
2.87-3.13.7120.03730.3927370.9980.04399.8
3.1-3.43.70.03135.7925430.9980.03699.3
3.4-3.83.6610.02937.5722840.9980.03499.5
3.8-4.393.7130.02540.920210.9990.02999.5
4.39-5.383.7180.02243.0817060.9990.02699.5
5.38-7.63.70.02240.913420.9990.02699.3
7.6-48.3363.5330.0245.227450.9990.02498.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OOW

3oow


解像度: 1.7→48.336 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.84
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1819 2106 3.3 %0
Rwork0.1478 ---
obs0.1489 63827 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.41 Å2 / Biso mean: 25.415 Å2 / Biso min: 9.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→48.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 41 605 5408
Biso mean--49.01 34.78 -
残基数----646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6999-1.73950.28981260.250441404266100
1.7395-1.7830.31261190.228840934212100
1.783-1.83120.25071580.208440674225100
1.8312-1.88510.19061360.18594114425099
1.8851-1.94590.23761160.19564129424599
1.9459-2.01550.21091430.16834073421699
2.0155-2.09620.19571830.16344060424399
2.0962-2.19160.21821440.15164081422599
2.1916-2.30710.22531280.1614092422099
2.3071-2.45170.19611600.140341174277100
2.4517-2.6410.19671360.142441294265100
2.641-2.90670.16721600.147641064266100
2.9067-3.32720.1591390.137141344273100
3.3272-4.19160.14721210.120941634284100
4.1916-48.35590.13391370.122642234360100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35581.3768-0.12466.38931.6871.02140.2848-0.6262-0.66440.1384-0.1834-0.21040.1713-0.2855-0.05730.3041-0.062-0.08010.20030.1370.3535.3527-29.847514.0435
24.56722.8576-0.27842.77840.11260.16820.1769-0.473-0.28160.10720.0216-0.06540.1011-0.2175-0.14330.293-0.0476-0.04410.29280.12140.1858-0.4191-22.559118.0625
36.40653.62960.65982.3090.43560.10560.218-0.4494-0.5630.2343-0.0659-0.0206-0.0111-0.1749-0.09850.304-0.0356-0.06520.21890.11030.29257.505-26.661415.4276
45.12765.44831.31146.27592.11793.18560.2002-0.129-0.85650.1194-0.1027-0.30260.10560.1236-0.11030.21410.016-0.07170.15490.0510.288618.5816-28.34710.2789
52.6362-0.0209-1.17545.6562-0.01612.76420.1486-0.0326-0.48960.1064-0.1356-0.50620.46230.56830.02390.3704-0.0053-0.17620.08440.08040.74359.7669-37.21528.0089
63.0194-0.3645-0.12340.0873-0.07131.46310.1393-0.0302-0.3470.1004-0.0431-0.11190.026-0.023-0.09370.2095-0.0116-0.04190.10880.02520.20298.8401-22.71575.9545
75.2079-0.23913.20761.81752.77796.76740.2858-1.3960.67050.8625-0.61950.93830.1727-0.90080.27260.2931-0.07280.09420.3293-0.09640.26022.1144-5.995212.0641
82.01440.24080.70221.484-0.010.82430.1973-0.1894-0.45380.0565-0.02250.03010.125-0.0386-0.12530.1979-0.004-0.04210.10870.04050.19910.8029-22.22963.6687
97.2254-6.3097-0.72718.59580.64940.96150.0267-0.2003-0.78460.2595-0.00170.34540.1141-0.182-0.02240.2532-0.077-0.04580.22680.11850.3287-19.1048-28.72399.4258
103.4786-0.1167-3.29676.23110.71033.161-0.3385-0.52550.15490.58160.2515-0.40880.08520.14810.08580.20390.0002-0.03080.1625-0.03260.122625.66388.752719.4325
116.1248-4.621.88336.5643-1.88562.129-0.2997-0.4539-0.04950.66790.19980.1629-0.0163-0.24250.09940.252-0.00980.02290.2251-0.02660.08517.1454.294123.0887
127.2162-7.68135.32069.3032-5.93364.7948-0.1043-0.07720.27420.2421-0.0892-0.2533-0.0455-0.02440.250.1423-0.0106-0.00230.1613-0.04260.116721.961611.860919.0624
134.6136-6.41883.77799.0032-5.12915.955-0.0709-0.2460.50990.3269-0.0581-0.2508-0.2915-0.07780.19380.1538-0.0153-0.00030.1351-0.03830.17225.972920.19512.212
146.3638-1.5014.68712.3972-0.93914.2025-0.02470.02720.07240.00730.0099-0.0537-0.07360.07630.00940.1411-0.00030.03170.1254-0.01160.120824.652610.38612.5034
151.3056-0.12120.2582.1807-0.46480.9826-0.04690.04560.14560.0341-0.026-0.2113-0.0313-0.0550.0640.13680.01180.00220.1381-0.01670.122622.631810.12368.1647
169.0325-3.64812.62143.1783-1.45293.4962-0.4638-0.9287-0.58760.76930.40010.89830.2005-0.49590.0350.22780.02630.07580.30060.05780.29092.37165.20711.9103
171.8216-0.33830.47961.212-0.22860.455-0.0094-0.0640.06140.07750.0286-0.08370.0048-0.0363-0.01620.15250.00420.01690.1121-0.01070.084920.49171.65619.0468
188.17825.5856-1.9995.8522-2.04212.49180.1974-0.6196-0.26610.314-0.1724-0.35020.12620.10040.01460.2240.0223-0.05970.17260.03610.155927.5931-13.377220.4499
192.77262.7255-1.72682.751-1.60032.0670.1239-1.9056-0.66060.3595-0.20280.1095-0.1593-0.46490.2090.3655-0.0443-0.05350.45850.07850.318211.1892-24.047924.5174
200.79140.30760.00535.2872-1.03684.20790.0079-0.40140.7510.3093-0.04550.1398-0.16720.11860.05160.18170.03520.00930.1997-0.11320.3673-11.570430.04939.6135
213.49092.64061.77362.78311.03631.046-0.0622-0.73790.54980.0465-0.0390.2345-0.00090.00050.07310.21640.02590.04040.2708-0.1150.2176-8.941222.415115.7971
223.10411.11910.86940.57260.78391.1908-0.1547-0.20670.48480.1440.0551-0.0717-0.0499-0.12380.13430.18610.03250.01420.1504-0.07620.2942-17.21627.18665.0447
232.6814-3.20390.19034.01130.33482.06940.111-0.03430.7093-0.1385-0.18210.5083-0.0327-0.0287-0.04440.17390.0032-0.0210.1143-0.03610.3886-11.097330.5713.2395
242.5342-0.10691.18550.2309-0.64642.8675-0.0684-0.05810.31460.06830.00110.16130.0166-0.07490.07090.14510.01310.01890.114-0.03550.2217-10.968922.0176-0.7293
253.69421.1684-1.29898.4721-0.55444.03050.5264-1.1054-0.39411.4459-0.6621-0.1790.5549-0.30820.1050.3843-0.1125-0.0090.2880.04720.1958-7.97845.3229.0429
262.20040.12450.43941.4680.4470.783-0.0615-0.14520.46360.0493-0.00090.0157-0.0192-0.06050.02570.1210.01250.01410.0974-0.02830.1957-2.575221.98832.7314
277.6906-5.96864.15114.7558-3.17082.8575-0.506-0.26930.87680.65870.0716-0.1693-0.4375-0.03650.38840.21940.0019-0.04020.1838-0.10110.37219.576331.852715.4414
287.82412.6150.45294.61235.44918.92730.1876-0.4581-0.2671.3350.3038-0.44030.24770.1845-0.41840.2812-0.008-0.04290.303-0.08890.180218.981717.057326.1916
290.56570.9941.08025.4675-1.30484.61060.0753-0.3527-0.01780.06750.07950.59410.0466-0.3538-0.12720.1992-0.03560.04680.24140.02450.1813-33.2509-8.78654.0263
304.546-4.51751.62816.667-1.28681.2734-0.2317-0.4516-0.25230.71990.220.2788-0.1363-0.0269-0.01770.2646-0.03680.07290.26820.03760.1387-26.5881-4.498710.9661
317.4397-5.81740.74924.5071-0.64620.39510.1122-0.509-0.3258-0.00270.09890.27920.0303-0.0647-0.18960.1852-0.04670.02960.23110.05440.2385-29.1009-11.55925.3754
327.573-6.51324.01565.7845-4.18844.51040.3498-0.0959-0.7337-0.5135-0.08750.61450.4918-0.0928-0.30570.2526-0.0443-0.00610.17850.03390.2533-28.5103-20.4127-3.0234
338.5532-1.83494.59281.7659-0.50583.1012-0.0347-0.07370.0010.03190.05160.2260.0889-0.1775-0.06020.1562-0.03740.01040.13020.03760.1295-27.5366-10.6337-1.8899
342.7806-0.11261.61950.68590.62822.28990.1304-0.0894-0.18840.0893-0.0490.05670.1596-0.0637-0.0760.161-0.02480.00280.14290.02210.1277-23.6-10.4051-4.5472
352.9814-0.14153.61363.4627-3.31937.3019-0.7816-0.91250.71091.3750.443-0.4479-0.819-0.49780.18420.41730.0764-0.06150.2772-0.03770.1906-8.235-5.69588.9981
362.2935-0.46120.06571.32620.08540.46240.0219-0.1088-0.06570.05740.01490.1370.0559-0.0373-0.03570.1424-0.01720.01510.11930.00920.0981-22.2241-1.9199-2.6757
376.28915.50915.70314.93875.11995.4220.0151-0.49950.11620.054-0.20830.5177-0.0045-0.53630.29880.16910.01550.07420.2244-0.010.2545-34.233113.05873.5154
381.0652.7074-0.47547.5214-0.4492.25130.1735-1.52890.56830.6325-0.0196-0.2626-0.2011-0.1588-0.14530.26420.02610.03190.4105-0.11720.2148-21.926424.792615.4654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 12 )A2 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 28 )A13 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 43 )A29 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 44 through 54 )A44 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 55 through 60 )A55 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 61 through 89 )A61 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 96 )A90 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 97 through 137 )A97 - 137
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 138 through 162 )A138 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 12 )B2 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 13 through 28 )B13 - 28
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 29 through 43 )B29 - 43
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 44 through 54 )B44 - 54
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 55 through 71 )B55 - 71
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 72 through 89 )B72 - 89
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 90 through 96 )B90 - 96
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 97 through 137 )B97 - 137
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 138 through 156 )B138 - 156
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 157 through 162 )B157 - 162
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 2 through 12 )C2 - 12
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 13 through 28 )C13 - 28
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 29 through 54 )C29 - 54
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 55 through 67 )C55 - 67
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 68 through 89 )C68 - 89
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 90 through 96 )C90 - 96
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 97 through 137 )C97 - 137
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 138 through 156 )C138 - 156
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 157 through 162 )C157 - 162
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1 through 12 )D1 - 12
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 13 through 28 )D13 - 28
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 29 through 43 )D29 - 43
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 44 through 54 )D44 - 54
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 55 through 71 )D55 - 71
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 72 through 89 )D72 - 89
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 90 through 96 )D90 - 96
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 97 through 137 )D97 - 137
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 138 through 156 )D138 - 156
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 157 through 163 )D157 - 163

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る