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- PDB-3ks8: Crystal structure of Reston ebolavirus VP35 RNA binding domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ks8
タイトルCrystal structure of Reston ebolavirus VP35 RNA binding domain in complex with 18bp dsRNA
要素
  • 5'-R(*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*U)-3'
  • Polymerase cofactor VP35
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) / ebolavirus (エボラウイルス属) / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質) / protein-RNA complex / interferon (インターフェロン) / Reston / Host cytoplasm / Interferon antiviral system evasion / RNA replication (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA-binding / Transcription (転写 (生物学)) / Virion (ウイルス) / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / リボン / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Reston ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Kimberlin, C.R. / Bornholdt, Z.A. / Li, S. / Woods, V.L. / Macrae, I.J. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Ebolavirus VP35 uses a bimodal strategy to bind dsRNA for innate immune suppression.
著者: Kimberlin, C.R. / Bornholdt, Z.A. / Li, S. / Woods, V.L. / Macrae, I.J. / Saphire, E.O.
履歴
登録2009年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-R(*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
F: 5'-R(*UP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*U)-3'
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
C: Polymerase cofactor VP35
D: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7906
ポリマ－93,7906
非ポリマー00
水2,702150
1
E: 5'-R(*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
F: 5'-R(*UP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*U)-3'
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6514
ポリマ－52,6514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-R(*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
F: 5'-R(*UP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*U)-3'
C: Polymerase cofactor VP35
D: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6514
ポリマ－52,6514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.685, 85.685, 108.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'


分子量: 6056.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*U)-3'


分子量: 5455.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Polymerase cofactor VP35


分子量: 20569.424 Da / 分子数: 4
Fragment: C-terminal RNA binding domain (UNP residues 160-329)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Reston ebolavirus (エボラウイルス)
株: Reston / 遺伝子: REBOVgp2, VP35 / プラスミド: pET46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8JPY0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 365mM ammonium acetate, 100mM trisodium citrate, 18.5% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→37.1 Å / Num. all: 40821 / Num. obs: 33227 / % possible obs: 81.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 23.47
反射 シェル解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 1.43 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 5.03 / Num. unique all: 1751 / % possible all: 35.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_222)精密化
HKL-2000データ削減
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KS4

3ks4


解像度: 2.401→35.117 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1499 5.05 %random
Rwork0.198 28170 --
obs0.2 29669 84.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.53 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 128.04 Å2 / Biso mean: 42.743 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→35.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3846 761 0 150 4757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0214834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3046679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2291870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006730
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4011-2.48690.3286550.24241101110133
2.4869-2.58640.3403900.27741658165851
2.5864-2.70410.34591280.27062507250775
2.7041-2.84660.33791730.26313058305893
2.8466-3.02490.29241790.252333103310100
3.0249-3.25830.30271760.220432773277100
3.2583-3.58590.25351900.199233143314100
3.5859-4.10410.21071860.171733173317100
4.1041-5.1680.17011760.155133013301100
5.168-35.12110.17461460.16813327332799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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