登録情報 | データベース: PDB / ID: 3km5 |
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the K2 Cleaved Adhesin Domain of Lys-gingipain (Kgp) |
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要素 | Lysine specific cysteine protease |
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キーワード | CELL INVASION / beta jelly roll barrel / cleaved adhesin family / LYS-gingipain / hemagglutination domain |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
gingipain K / hemolysis in another organism / : / cysteine-type peptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region類似検索 - 分子機能 Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain, N-terminal superfamily / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain ...Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain, N-terminal superfamily / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Peptidase family C25 / Caspase-like domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type III / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta類似検索 - ドメイン・相同性 NITRATE ION / Lys-gingipain W83 / Hemagglutinin A類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å |
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データ登録者 | Li, N. / Collyer, C.A. / Hunter, N. |
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引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010 タイトル: Structure determination and analysis of a haemolytic gingipain adhesin domain from Porphyromonas gingivalis 著者: Li, N. / Yun, P. / Nadkarni, M.A. / Ghadikolaee, N.B. / Nguyen, K.-A. / Lee, M. / Hunter, N. / Collyer, C.A. |
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履歴 | 登録 | 2009年11月9日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2010年3月31日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2017年11月1日 | Group: Refinement description / カテゴリ: software |
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改定 1.3 | 2024年3月20日 | Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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