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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3klf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of wild-type HIV-1 Reverse Transcriptase crosslinked to a DSDNA with a bound excision product, AZTPPPPA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / AZT RESISTANCE MECHANISM / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE / WILD-TYPE / AZT RESISTANCE MUTATIONS / P51/P66 / NUCELEOSIDE INHIBITOR / THYMIDINE ANALOG MUTATIONS / AIDS / HIV / DNA POLYMERASE / NRTI / NRTI RESISTANCE / AZT / AZTPPPPA / AZTP4A / DINUCLEOSIDE TETRAPHOSPHATE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MAGNESIUM / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Tu, X. / Das, K. / Sarafianos, S.G. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structural basis of HIV-1 resistance to AZT by excision. 著者: Tu, X. / Das, K. / Han, Q. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Hou, X. / Frenkel, Y.V. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Sarafianos, S.G. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3klf.cif.gz | 882 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3klf.ent.gz | 710.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3klf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3klf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3klf_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3klf_validation.xml.gz | 103.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3klf_validation.cif.gz | 150.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3klf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3klf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 AEIMBFJN
#1: タンパク質 | 分子量: 64080.457 Da / 分子数: 4 / 変異: C280S, Q258C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PRT35A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H #2: タンパク質 | 分子量: 51928.629 Da / 分子数: 4 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PRT35A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03366 |
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-DNA鎖 , 2種, 8分子 CGKODHLP
#3: DNA鎖 | 分子量: 8367.386 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA TEMPLATE FOR REVERSE TRANSCRIPTASE #4: DNA鎖 | 分子量: 6458.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA PRIMER FOR REVERSE TRANSCRIPTASE |
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-非ポリマー , 4種, 90分子
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-ZP4 / [[[[( #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.85 % |
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: 50 MM BIS-TRIS PROPANE PH6.4, 10-11% PEG8000, 0.3 M (NH4)2SO4, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE, 20 MM MGCL2, AND 5 MM SPERMIDINE, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→25 Å / Num. obs: 98589 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.129 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.21 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / % possible all: 83.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RTD 解像度: 3.15→24.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4028470 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.82 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→24.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.15→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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