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- PDB-3k5m: Crystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-ddGTP Lt(-2, 2) ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5m
タイトルCrystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-ddGTP Lt(-2, 2) ternary complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*(3DR)P*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
  • DNA polymerase II
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Nucleotidyltransferase / SOS response / Transferase (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase B, N domain, beta-barrel / B family DNA polymerase, N domain, alpha/beta motif / Helix Hairpins - #1130 / DNA polymerase II, N-terminal / B family DNA polymerase, thumb domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B, thumb domain ...DNA polymerase B, N domain, beta-barrel / B family DNA polymerase, N domain, alpha/beta motif / Helix Hairpins - #1130 / DNA polymerase II, N-terminal / B family DNA polymerase, thumb domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Helix Hairpins / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Yang, W. / Wang, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural insight into translesion synthesis by DNA Pol II.
著者: Wang, F. / Yang, W.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II
T: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*(3DR)P*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0346
ポリマ－100,4623
非ポリマー5713
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.109, 95.228, 144.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase II / / Pol II


分子量: 90459.734 Da / 分子数: 1 / 変異: D335N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0060, dinA, JW0059, polB / プラスミド: Modified PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21189, DNAポリメラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*(3DR)P*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5994.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Abasic Lt(-2, 2) template
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 4007.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer

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非ポリマー , 3種, 494分子

#4: 化合物 ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-25% PEGMME3350, 0.1 M ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 65181 / Num. obs: 62414 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6409 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K59

3k59


解像度: 2.04→28.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1450 2.2 %Random
Rwork0.243 56213 --
obs-57663 88.7 %-
溶媒の処理Bsol: 51.775 Å2
原子変位パラメータBiso max: 82.82 Å2 / Biso mean: 34.132 Å2 / Biso min: 16.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.759 Å20 Å20 Å2
2---2.918 Å20 Å2
3----2.841 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.29 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→28.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6204 663 32 491 7390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.707
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7922
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.11 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.319 132
Rwork0.309 -
obs-5369
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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