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- PDB-3jch: Cryo-EM structure of the magnesium channel CorA in the magnesium-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jch
タイトルCryo-EM structure of the magnesium channel CorA in the magnesium-free, asymmetric open state II
要素Magnesium transport protein CorAMagnesium transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / magnesium channel / pentameric complex / symmetry vs. asymmetry / conformational change (コンフォメーション変化) / gating mechanism / direct electron detector / K2
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.06 Å
データ登録者Matthies, D. / Perozo, E. / Subramaniam, S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM Structures of the Magnesium Channel CorA Reveal Symmetry Break upon Gating.
著者: Doreen Matthies / Olivier Dalmas / Mario J Borgnia / Pawel K Dominik / Alan Merk / Prashant Rao / Bharat G Reddy / Shahidul Islam / Alberto Bartesaghi / Eduardo Perozo / Sriram Subramaniam /
要旨: CorA, the major Mg(2+) uptake system in prokaryotes, is gated by intracellular Mg(2+) (KD ∼ 1-2 mM). X-ray crystallographic studies of CorA show similar conformations under Mg(2+)-bound and Mg(2+)- ...CorA, the major Mg(2+) uptake system in prokaryotes, is gated by intracellular Mg(2+) (KD ∼ 1-2 mM). X-ray crystallographic studies of CorA show similar conformations under Mg(2+)-bound and Mg(2+)-free conditions, but EPR spectroscopic studies reveal large Mg(2+)-driven quaternary conformational changes. Here, we determined cryo-EM structures of CorA in the Mg(2+)-bound closed conformation and in two open Mg(2+)-free states at resolutions of 3.8, 7.1, and 7.1 Å, respectively. In the absence of bound Mg(2+), four of the five subunits are displaced to variable extents (∼ 10-25 Å) by hinge-like motions as large as ∼ 35° at the stalk helix. The transition between a single 5-fold symmetric closed state and an ensemble of low Mg(2+), open, asymmetric conformational states is, thus, the key structural signature of CorA gating. This mechanism is likely to apply to other structurally similar divalent ion channels.
履歴
登録2015年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / em_software
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6553
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
C: Magnesium transport protein CorA
D: Magnesium transport protein CorA
E: Magnesium transport protein CorA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,4905
ポリマ－207,4905
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Magnesium transport protein CorA / Magnesium transporter


分子量: 41498.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: corA, TM_0561 / プラスミド: CorA-pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PlysS / 参照: UniProt: Q9WZ31

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CorA from Thermotoga maritima in the absence of magnesium, state II
タイプ: COMPLEX / 詳細: One homopentamer of CorA / 別称: CorA
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 50 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.5 mM DDM
pH: 7.3
詳細: 50 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.5 mM DDM
試料濃度: 3.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 300 mesh Cu R1.2/1.3 holey carbon grids from Quantifoil, plasma-cleaned
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 86 %
詳細: Grids were blotted at 4 degrees Celsius for 7 seconds after a 10-second pre-blotting period, then plunge-frozen in liquid ethane.
手法: Grids were blotted at 4 degrees Celsius for 7 seconds after a 10-second pre-blotting period, then plunge-frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月15日 / 詳細: Parallel beam illumination
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM / Electron beam tilt params: 5
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 890 nm / Cs: 2.7 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 105,000 times magnification.
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
資料ホルダタイプ: Liquid nitrogen-cooled / 温度: 79.7 K / 最高温度: 79.8 K / 最低温度: 79.6 K
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
詳細: post-column Quantum GIF
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンデジタル画像の数: 2498

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2PHENIXモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4RELION３次元再構成
CTF補正詳細: CTF parameters obtained from whole micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: RELIONList of Walmart brands / 解像度: 7.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27416 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.352 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.352 Å
詳細: Final maps were calculated from two merged datasets. (Single particle details: The particles were selected using an automatic selection program. 3D classification, 3D refinement, and ...詳細: Final maps were calculated from two merged datasets. (Single particle details: The particles were selected using an automatic selection program. 3D classification, 3D refinement, and postprocessing were done using RELION 1.3.) (Single particle--Applied symmetry: C1)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6633 0 0 0 6633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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