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- PDB-3j26: The 3.5 A resolution structure of the Sputnik virophage by cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j26
タイトルThe 3.5 A resolution structure of the Sputnik virophage by cryo-EM
要素
  • Minor virion protein
  • capsid protein V20カプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / double jelly-roll / single jelly-roll
機能・相同性Jelly Rolls - #1100 / カプシド / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / Putative capsid protein V20 / Minor virion protein
機能・相同性情報
生物種Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, X.Z.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2012
タイトル: Structure of Sputnik, a virophage, at 3.5-Å resolution.
著者: Xinzheng Zhang / Siyang Sun / Ye Xiang / Jimson Wong / Thomas Klose / Didier Raoult / Michael G Rossmann /
要旨: "Sputnik" is a dsDNA virus, referred to as a virophage, that is coassembled with Mimivirus in the host amoeba. We have used cryo-EM to produce an electron density map of the icosahedral Sputnik virus ..."Sputnik" is a dsDNA virus, referred to as a virophage, that is coassembled with Mimivirus in the host amoeba. We have used cryo-EM to produce an electron density map of the icosahedral Sputnik virus at 3.5-Å resolution, sufficient to verify the identity of most amino acids in the capsid proteins and to establish the identity of the pentameric protein forming the fivefold vertices. It was also shown that the virus lacks an internal membrane. The capsid is organized into a T = 27 lattice in which there are 260 trimeric capsomers and 12 pentameric capsomers. The trimeric capsomers consist of three double "jelly-roll" major capsid proteins creating pseudohexameric capsomer symmetry. The pentameric capsomers consist of five single jelly-roll proteins. The release of the genome by displacing one or more of the pentameric capsomers may be the result of a low-pH environment. These results suggest a mechanism of Sputnik DNA ejection that probably also occurs in other big icosahedral double jelly-roll viruses such as Adenovirus. In this study, the near-atomic resolution structure of a virus has been established where crystallization for X-ray crystallography was not feasible.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年11月14日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Other
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5495
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5495
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5495
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein V20
B: capsid protein V20
C: capsid protein V20
D: capsid protein V20
E: capsid protein V20
F: capsid protein V20
G: capsid protein V20
H: capsid protein V20
I: capsid protein V20
J: capsid protein V20
K: capsid protein V20
L: capsid protein V20
M: capsid protein V20
N: Minor virion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)773,89714
ポリマ-773,89714
非ポリマー00
0
1
A: capsid protein V20
B: capsid protein V20
C: capsid protein V20
D: capsid protein V20
E: capsid protein V20
F: capsid protein V20
G: capsid protein V20
H: capsid protein V20
I: capsid protein V20
J: capsid protein V20
K: capsid protein V20
L: capsid protein V20
M: capsid protein V20
N: Minor virion protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,433,822840
ポリマ-46,433,822840
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: capsid protein V20
B: capsid protein V20
C: capsid protein V20
D: capsid protein V20
E: capsid protein V20
F: capsid protein V20
G: capsid protein V20
H: capsid protein V20
I: capsid protein V20
J: capsid protein V20
K: capsid protein V20
L: capsid protein V20
M: capsid protein V20
N: Minor virion protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.87 MDa, 70 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,869,48570
ポリマ-3,869,48570
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: capsid protein V20
B: capsid protein V20
C: capsid protein V20
D: capsid protein V20
E: capsid protein V20
F: capsid protein V20
G: capsid protein V20
H: capsid protein V20
I: capsid protein V20
J: capsid protein V20
K: capsid protein V20
L: capsid protein V20
M: capsid protein V20
N: Minor virion protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 4.64 MDa, 84 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,643,38284
ポリマ-4,643,38284
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
capsid protein V20 / カプシド / major capsid protein


分子量: 56245.621 Da / 分子数: 13 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
参照: UniProt: B4YNG0
#2: タンパク質 Minor virion protein / penton protein


分子量: 42703.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
参照: UniProt: I0CES9
配列の詳細FULL-LENGTH CAPSID PROTEIN V20 (MAJOR CAPSID PROTEIN) WAS PRESENT IN THE SAMPLE, BUT ONLY UNP ...FULL-LENGTH CAPSID PROTEIN V20 (MAJOR CAPSID PROTEIN) WAS PRESENT IN THE SAMPLE, BUT ONLY UNP RESIDUES 1-508 WERE MODELED.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sputnik virus / タイプ: VIRUS
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: EUKARYOTE / 単離: STRAIN / タイプ: SATELLITE
天然宿主生物種: Acanthamoeba
緩衝液名称: PBS / pH: 7 / 詳細: PBS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh copper grid with 1.2 um holes
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 90 %
詳細: 6 second blot, plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
手法: 6 second blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 22 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN3次元再構成
2FREALIGN3次元再構成
CTF補正詳細: each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12000 / ピクセルサイズ(実測値): 1.1 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54479 0 0 0 54479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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