+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j26 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The 3.5 A resolution structure of the Sputnik virophage by cryo-EM | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / double jelly-roll / single jelly-roll | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #1100 / カプシド / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / Putative capsid protein V20 / Minor virion protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Structure of Sputnik, a virophage, at 3.5-Å resolution. 著者: Xinzheng Zhang / Siyang Sun / Ye Xiang / Jimson Wong / Thomas Klose / Didier Raoult / Michael G Rossmann / 要旨: "Sputnik" is a dsDNA virus, referred to as a virophage, that is coassembled with Mimivirus in the host amoeba. We have used cryo-EM to produce an electron density map of the icosahedral Sputnik virus ..."Sputnik" is a dsDNA virus, referred to as a virophage, that is coassembled with Mimivirus in the host amoeba. We have used cryo-EM to produce an electron density map of the icosahedral Sputnik virus at 3.5-Å resolution, sufficient to verify the identity of most amino acids in the capsid proteins and to establish the identity of the pentameric protein forming the fivefold vertices. It was also shown that the virus lacks an internal membrane. The capsid is organized into a T = 27 lattice in which there are 260 trimeric capsomers and 12 pentameric capsomers. The trimeric capsomers consist of three double "jelly-roll" major capsid proteins creating pseudohexameric capsomer symmetry. The pentameric capsomers consist of five single jelly-roll proteins. The release of the genome by displacing one or more of the pentameric capsomers may be the result of a low-pH environment. These results suggest a mechanism of Sputnik DNA ejection that probably also occurs in other big icosahedral double jelly-roll viruses such as Adenovirus. In this study, the near-atomic resolution structure of a virus has been established where crystallization for X-ray crystallography was not feasible. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j26.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3j26.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j26 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56245.621 Da / 分子数: 13 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ) 参照: UniProt: B4YNG0 #2: タンパク質 | | 分子量: 42703.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ) 参照: UniProt: I0CES9 配列の詳細 | FULL-LENGTH CAPSID PROTEIN V20 (MAJOR CAPSID PROTEIN) WAS PRESENT IN THE SAMPLE, BUT ONLY UNP ...FULL-LENGTH CAPSID PROTEIN V20 (MAJOR CAPSID PROTEIN) WAS PRESENT IN THE SAMPLE, BUT ONLY UNP RESIDUES 1-508 WERE MODELED. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sputnik virus / タイプ: VIRUS |
---|---|
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: EUKARYOTE / 単離: STRAIN / タイプ: SATELLITE |
天然宿主 | 生物種: Acanthamoeba |
緩衝液 | 名称: PBS / pH: 7 / 詳細: PBS |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 400 mesh copper grid with 1.2 um holes |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 90 % 詳細: 6 second blot, plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 手法: 6 second blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年1月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K |
撮影 | 電子線照射量: 22 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: each particle | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12000 / ピクセルサイズ(実測値): 1.1 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|