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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ili | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli HPPK(D95A) | ||||||
要素 | 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / alpha beta / ATP-binding / Folate biosynthesis (葉酸) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Blaszczyk, J. / Li, Y. / Yan, H. / Ji, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural and functional roles of residues D95 and D97 in E. coli HPPK 著者: Li, Y. / Blaszczyk, J. / Ji, X. / Yan, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ili.cif.gz | 57 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ili.ent.gz | 39.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ili.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/3ili ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/3ili | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17922.523 Da / 分子数: 1 / 変異: D95A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0142, foIK, folK, JW0138 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: PEG 4000, Sodium acetate, Magnesium chloride, Tris-HCl, Imidazole., pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.00188 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00188 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 25298 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2433 / Χ2: 1.055 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1HKA 解像度: 1.45→26.122 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The structure was refined for a total of 34 cycles, including 6 cycles with CNS, 13 cycles with SHELEX, and 15 cycles with PHENIX.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.485 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.44 Å2 / Biso mean: 17.89 Å2 / Biso min: 4.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→26.122 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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