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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i0m | ||||||
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タイトル | Structure of the S. pombe Nbs1 FHA/BRCT-repeat domain | ||||||
要素 | DNA repair and telomere maintenance protein nbs1 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / FHA / BRCT-repeat / DNA-damage / Chromosomal protein (染色体) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Telomere (テロメア) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / DNA double-strand break processing / chromatin-protein adaptor activity / telomere maintenance via recombination ...DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / DNA double-strand break processing / chromatin-protein adaptor activity / telomere maintenance via recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA duplex unwinding / protein localization to chromosome, telomeric region / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / DNA修復 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Clapperton, J.A. / Lloyd, J. / Chapman, J.R. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009 タイトル: A supramodular FHA/BRCT-repeat architecture mediates Nbs1 adaptor function in response to DNA damage 著者: Lloyd, J. / Chapman, J.R. / Clapperton, J.A. / Haire, L.F. / Hartsuiker, E. / Li, J. / Carr, A.M. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i0m.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i0m.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i0m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36925.781 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal FHA/BRCT-repeat domain, UNP residues 1-324 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: nbs1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43070 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8% PEG6000, 0.1M MES, 0.1M MgCl2, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9698 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: 0.97 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9698 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 19822 / Num. obs: 19822 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 27.619 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.269 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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