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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ht9 | ||||||
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タイトル | 2-methoxyphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME / Antimicrobial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / REFMAC / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Boyce, S.E. / Mobley, D.L. / Rocklin, G.J. / Graves, A.P. / Dill, K.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site. 著者: Boyce, S.E. / Mobley, D.L. / Rocklin, G.J. / Graves, A.P. / Dill, K.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ht9.cif.gz | 51.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ht9.ent.gz | 36.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ht9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/3ht9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/3ht9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ht6C 3ht7C 3ht8C 3htbC 3htdC 3htfC 3htgC 3hu8C 3hu9C 3huaC 3hukC 3huqC 1lguS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18646.316 Da / 分子数: 1 / 変異: S38D,L99A,M102Q,N144D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 株: Enterobacteria Phage T4 Sensu Lato / 遺伝子: E / プラスミド: M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-JZ3 / | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.2M sodium-potassium phosphate, 0.05M beta-mercaptoethanol, 0.05M 2-hydroxyethyldisulfide, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11589 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11589 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→30 Å / Num. all: 13727 / Num. obs: 13727 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.91 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 18.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.15 Å / 冗長度: 9.14 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: REFMAC 開始モデル: PDB ENTRY 1LGU 解像度: 2.02→28.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 3.608 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→28.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
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