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- PDB-3hs2: Crystal structure of PHD truncated to residue 57 in an orthorhomb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hs2
タイトルCrystal structure of PHD truncated to residue 57 in an orthorhombic space group
要素Prevent host death protein
キーワードANTITOXIN (抗毒素) / Prevent Host Death / PHD / intrinsic disorder / Doc / toxin-antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Loris, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Allostery and intrinsic disorder mediate transcription regulation by conditional cooperativity.
著者: Garcia-Pino, A. / Balasubramanian, S. / Wyns, L. / Gazit, E. / De Greve, H. / Magnuson, R.D. / Charlier, D. / van Nuland, N.A. / Loris, R.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prevent host death protein
B: Prevent host death protein
C: Prevent host death protein
D: Prevent host death protein
E: Prevent host death protein
F: Prevent host death protein
G: Prevent host death protein
H: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,73014
ポリマ－51,1538
非ポリマー5766
水1,49583
1
A: Prevent host death protein
B: Prevent host death protein
G: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3755
ポリマ－19,1823
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area6000 Å2
手法PISA
2
B: Prevent host death protein
C: Prevent host death protein
D: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4716
ポリマ－19,1823
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-20.5 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
3
D: Prevent host death protein
E: Prevent host death protein
F: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3755
ポリマ－19,1823
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area5760 Å2
手法PISA
4
F: Prevent host death protein
G: Prevent host death protein
H: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4716
ポリマ－19,1823
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-14.4 kcal/mol
Surface area5640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.001, 122.542, 61.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Prevent host death protein / Phd protein


分子量: 6394.143 Da / 分子数: 8 / 断片: N-terminal domain: UNP residues 1-58 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
遺伝子: phd / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06253
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 8000, 0.2M LiSO4, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.25 Å / Num. all: 20810 / Num. obs: 20810 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 6.87 / Num. unique all: 2025 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HRY

3hry


解像度: 2.2→34.25 Å / SU ML: 1.74 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 1448 7.23 %
Rwork0.2274 --
all0.2305 20810 -
obs0.2305 20810 96.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.099 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3204 0 30 83 3317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.777
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.27870.30051560.2525177995
2.2787-2.36990.29481510.2309181396
2.3699-2.47770.31471350.2367184697
2.4777-2.60830.30951480.2425184397
2.6083-2.77170.29221580.2313186698
2.7717-2.98550.29191320.2287191199
2.9855-3.28580.27781540.2162188599
3.2858-3.76070.24191290.2111193598
3.7607-4.73610.22681390.2053181493
4.7361-34.250.27031460.2441187492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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