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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hr6 | ||||||
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タイトル | Structure of the Corynebacterium diphtheriae major pilin SpaA points to a modular pilus assembly stabilizing isopeptide bonds | ||||||
要素 | Putative surface-anchored fimbrial subunit | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / CELL ADHESION (細胞接着) / Multiple Ig-like domains / Cell wall (細胞壁) / Peptidoglycan-anchor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, H.J. / Paterson, N.G. / Gaspar, A.H. / Ton-That, H. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: The Corynebacterium diphtheriae shaft pilin SpaA is built of tandem Ig-like modules with stabilizing isopeptide and disulfide bonds 著者: Kang, H.J. / Paterson, N.G. / Gaspar, A.H. / Ton-That, H. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hr6.cif.gz | 105.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hr6.ent.gz | 83.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46879.449 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 53-486 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 遺伝子: SpaA / プラスミド: pDest17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q6NF81 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M NaF, 0.1M NaI, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.773 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.773 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 58478 / Num. obs: 58478 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / % possible all: 85.6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0044 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.566 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.9078 Å / Origin y: 2.76 Å / Origin z: 39.9769 Å
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