[日本語] English
万見
- PDB-3hjc: Crystal structure of the carboxy-terminal domain of HSP90 from Le... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hjc
タイトルCrystal structure of the carboxy-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LmjF33.0312
要素Heat shock protein 83-1Heat shock response
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / SLEEPING SICKNESS (アフリカ睡眠病) / LEISHMANIA (リーシュマニア) / HEAT SHOCK PROTEIN (熱ショックタンパク質) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / STRESS RESPONSE PROTEIN (闘争・逃走反応) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Stress response (闘争・逃走反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / 核質 / ATP binding ...ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein 90, C-terminal domain / Rossmann fold - #11260 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #80 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein ...Heat shock protein 90, C-terminal domain / Rossmann fold - #11260 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #80 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein 83-1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Walker, J. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Walker, J. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the middle and carboxy-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LMJF33.0312
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, ...著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelts, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1203
ポリマ－51,9281
非ポリマー1922
水1,58588
1
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,72218
ポリマ－311,5696
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area21570 Å2
ΔGint-324 kcal/mol
Surface area108550 Å2
手法PISA
2
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子

A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2416
ポリマ－103,8562
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
Buried area3350 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area40020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.241, 169.241, 83.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 83-1 / Heat shock response


分子量: 51928.223 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 265-690 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN
遺伝子: LmjF33.0312, LmjF33.0314, LmjF33.0316, LmjF33.0320, LmjF33.0323, LmjF33.0326, LmjF33.0333, LmjF33.0336, LmjF33.0340, LmjF33.0343, LmjF33.0346, LmjF33.0350, LmjF33.0355, LmjF33.0360, LmjF33.0365
プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRare2 / 参照: UniProt: Q4Q4I6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.4 M Ammonium Sulfate 0.1 M Citric Acid pH 5.5 2 mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 25015 / Num. obs: 25015 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 69.776 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.128 / Χ2: 1.59 / Net I/σ(I): 27.619
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 2448 / Χ2: 1.904 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 58.7 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.65 Å24.92 Å
Translation2.65 Å24.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1USU

1usu


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.282 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.803 / SU B: 17.952 / SU ML: 0.182 / SU R Cruickshank DPI: 0.294 / SU Rfree: 0.258 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1268 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.216 25064 --
obs0.216 24854 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.69 Å2 / Biso mean: 30.611 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å2-0.87 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3072 0 10 88 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.9724252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3755390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42924.375144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.95715598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.51940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96223120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5431220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6184.51128
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 96 -
Rwork0.271 1623 -
all-1719 -
obs--95.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87420.0552-0.29227.52120.63511.75980.0492-0.03980.1628-0.0461-0.0008-0.1932-0.17860.1207-0.04840.08970.0062-0.01280.0861-0.00540.0193-68.40339.7167-2.8709
21.7789-0.05940.71159.87951.07052.81930.00690.15410.1535-0.42220.003-0.06610.01520.0531-0.00990.10030.04760.02850.06390.03330.025-63.524610.2699-9.2867
31.00371.67282.14333.64461.79538.33220.13320.2912-0.7820.04370.0348-2.00020.3861.5067-0.1680.68280.1450.19090.57670.07931.2627-55.3166-9.9776-20.0812
45.6039-0.98450.2898.25911.94266.0776-0.06760.6446-0.0653-1.1210.0389-0.09050.19-0.11850.02870.40550.00280.00570.2163-0.0170.0037-70.0772-6.182-26.0969
510.42583.2966-0.25961.7446-1.63453.7336-0.13580.3977-0.0835-0.26390.10690.03760.3723-0.09330.02890.44840.0541-0.05070.2118-0.03080.1206-83.7647-9.3035-25.3409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2A157 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3A255 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4A280 - 371
5X-RAY DIFFRACTION5A372 - 406

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る