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- PDB-3h3i: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LIPID BINDING PROTEIN (BT_2261) F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LIPID BINDING PROTEIN (BT_2261) FROM BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 AT 2.20 A RESOLUTION
要素Putative lipid binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性Lipocalin - #220 / Lipid-binding, putative / Lipid-binding superfamily / Lipid-binding putative hydrolase / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Βバレル / Mainly Beta / Lipid-binding hydrolase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Putative lipid binding protein (NP_811174.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipid binding protein
B: Putative lipid binding protein
C: Putative lipid binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9519
ポリマ－50,3753
非ポリマー5766
水3,675204
1
A: Putative lipid binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8882
ポリマ－16,7921
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative lipid binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9843
ポリマ－16,7921
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative lipid binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0804
ポリマ－16,7921
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.383, 67.383, 186.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A29 - 166
2116B29 - 166
3116C29 - 166

-
要素

#1: タンパク質 Putative lipid binding protein


分子量: 16791.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_2261, NP_811174.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A5H8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CLONED CONSTRUCT INCLUDING RESIDUES 18-166 WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG ...THE CLONED CONSTRUCT INCLUDING RESIDUES 18-166 WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5000M (NH4)2SO4, 1.0000M Li2SO4, 0.1M Citrate pH 5.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97895,0.97833
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月23日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.978951
30.978331
反射解像度: 2.2→29.604 Å / Num. obs: 25038 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 39.658 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.078
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.267.50.591.21380618450.59100
2.26-2.327.60.4851.51340417710.485100
2.32-2.397.50.3861.91316117500.386100
2.39-2.467.50.3432.21241716510.343100
2.46-2.547.50.2912.61233216340.291100
2.54-2.637.50.2263.31203816060.226100
2.63-2.737.50.1993.71147115210.199100
2.73-2.847.50.1574.81109514840.157100
2.84-2.977.50.1325.61060814060.132100
2.97-3.117.50.1036.91016813600.103100
3.11-3.287.50.097.3963712840.09100
3.28-3.487.40.0768.8921412390.076100
3.48-3.727.50.0628.8872411670.062100
3.72-4.027.50.05611.8796610660.056100
4.02-4.47.40.04713.573369920.047100
4.4-4.927.40.0451466909050.045100
4.92-5.687.30.04713.459448110.047100
5.68-6.967.20.05511.449866910.055100
6.96-9.846.90.0531237795440.053100
9.84-29.616.20.04612.919373110.04696.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.604 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 12.824 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.SULFATES (SO4) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1272 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 24985 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.49 Å2 / Biso mean: 19.713 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20.34 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3209 0 30 204 3443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9294590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84935117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6695425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.21625.244164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.54615491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.815159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.87122070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1552853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74943332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.261286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.53481251
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1680 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ALOOSE POSITIONAL0.215
BLOOSE POSITIONAL0.225
CLOOSE POSITIONAL0.265
ALOOSE THERMAL2.7710
BLOOSE THERMAL1.910
CLOOSE THERMAL2.0610
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 89 -
Rwork0.244 1747 -
all-1836 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86780.74530.4872.76730.73873.00740.28240.0743-0.283-0.00090.012-0.07380.95910.7168-0.29440.38880.3075-0.16210.2827-0.13610.221211.68760.530850.0551
22.95430.35190.67641.8570.88583.42740.1030.02790.27080.3842-0.10250.12550.918-0.1845-0.00050.3907-0.1238-0.00180.0655-0.04150.1588-15.449463.007329.6397
35.24661.76710.30751.72950.09764.3333-0.0443-0.29480.2062-0.1993-0.0135-0.026-0.3722-0.6730.05780.07550.05050.03240.1424-0.0570.1496-18.926786.860353.5985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3C29 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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