+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h34 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PpcE, A cytochrome c7 from Geobacter sulfurreducens | ||||||
要素 | Cytochrome c7 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / cytochrome c7 / Multiheme cytochrome / Geobacter sulfurreducens | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacter sulfurreducens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pokkuluri, P.R. / Schiffer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010 タイトル: Structural characterization of a family of cytochromes c(7) involved in Fe(III) respiration by Geobacter sulfurreducens. 著者: Pokkuluri, P.R. / Londer, Y.Y. / Yang, X. / Duke, N.E. / Erickson, J. / Orshonsky, V. / Johnson, G. / Schiffer, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h34.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3h34.ent.gz | 21.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h34 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Monomer per asymmetric unit; Monomer in solution based on size exclusion column chromatography and dynamic light scattering |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7833.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア) 遺伝子: cyd-5, GSU1760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JCB1723 / 参照: UniProt: Q74CB4 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Micro crystals obtained from SaltRx-31 (3.5 M sodium formate, 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0) were optimized by micro seeding method, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.73859, 1.73647, 1.78875, 1.0332 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月25日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 22388 / Num. obs: 22388 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 28.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 2226 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→30.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 624877.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.2616 Å2 / ksol: 0.445928 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.32 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|