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- PDB-3gul: T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gul
タイトルT4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--ethylbenzene binding
要素Lysozymeリゾチーム
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / T4 lysozyme / apolar cavity / buried charge / ligand binding (リガンド) / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / エチルベンゼン / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Liu, L. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
著者: Liu, L. / Baase, W.A. / Michael, M.M. / Matthews, B.W.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年12月25日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8258
ポリマ－37,4192
非ポリマー4066
水1,67593
1
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9344
ポリマ－18,7101
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8914
ポリマ－18,7101
非ポリマー1823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.274, 49.274, 129.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLY1AA1 - 121 - 12
21METMETGLYGLY1BB1 - 121 - 12
12LEULEUTHRTHR4AA13 - 2613 - 26
22LEULEUTHRTHR4BB13 - 2613 - 26
13ILEILEPROPRO1AA27 - 3727 - 37
23ILEILEPROPRO1BB27 - 3727 - 37
14ASPASPILEILE4AA38 - 5038 - 50
24ASPASPILEILE4BB38 - 5038 - 50
15GLYGLYLYSLYS1AA51 - 16251 - 162
25GLYGLYLYSLYS1BB51 - 16251 - 162

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysozyme / リゾチーム / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18709.568 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム

-
非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物 ChemComp-PYJ / PHENYLETHANE / エチルベンゼン / エチルベンゼン


分子量: 106.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 0.14M magnesium/calcium sulfate, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→46.05 Å / Num. obs: 18739 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GUI

3gui


解像度: 2.07→46.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 20.105 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29252 957 5.1 %RANDOM
Rwork0.23695 ---
obs0.2397 17734 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 26 93 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.9663628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1995330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50623.281128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.78815496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6811528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.51688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89922618
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49931158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3714.51010
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1100tight positional0.030.05
379tight positional0.030.05
5916tight positional0.030.05
2123medium positional0.30.5
496medium positional0.230.5
1100tight thermal0.090.5
379tight thermal0.080.5
5916tight thermal0.080.5
2123medium thermal0.332
496medium thermal0.352
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.125 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 59 -
Rwork0.304 1302 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6469-1.21253.95633.30956.843119.9501-0.13620.26510.1296-0.6422-0.3018-0.3408-0.8355-1.7340.4381-0.1736-0.0345-0.0280.02350.0392-0.0281-0.634213.3377-5.414
27.2221.6077-0.99917.0118-5.24763.9971-0.00470.0128-0.1920.3517-0.06540.6035-0.2595-0.01240.0701-0.1596-0.04640.0201-0.1788-0.0522-0.081-5.381211.447913.1261
32.3665-0.23920.7642.18721.18815.1153-0.01330.0151-0.11610.324-0.04780.08090.6049-0.41830.0612-0.0274-0.0612-0.0176-0.16330.011-0.12484.29533.97-2.1452
40.44480.2976-0.43410.1991-0.29040.42360.0122-0.0494-0.0930.0113-0.0271-0.11440.05940.16810.01490.01410.0644-0.03670.0503-0.01340.10478.384514.8017-6.2064
53.2728-0.93044.68110.3119.637518.6697-0.4404-0.58320.01280.004-0.05560.5466-1.1557-0.52310.4960.0166-0.0168-0.0174-0.1949-0.0413-0.018311.061325.3461-6.792
619.9553-0.037713.5157.2195-0.162925.1209-2.43752.81351.7287-0.31390.4921-0.3909-4.91973.02351.94540.8415-0.6645-0.31580.13460.2522-0.049612.239530.7148-24.9694
71.9308-1.03310.92812.6980.72037.5602-0.07090.17270.1367-0.08670.1052-0.1907-0.67531.1111-0.0342-0.1318-0.12620.01750.0158-0.0237-0.115920.607220.728-10.1503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3A51 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4A168 - 217
5X-RAY DIFFRACTION4B167 - 221
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION6B13 - 50
8X-RAY DIFFRACTION7B51 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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