PDB-3gok: Binding site mapping of protein ligands

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gok

タイトル

Binding site mapping of protein ligands

要素

MAP kinase-activated protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / MK2 / MAPKAP kinase 2 / Isotope labelling / insect cell expression / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / mitogen-activated protein kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Scheich, C.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Binding site mapping of protein ligands
著者: Scheich, C. / Smith, M.A. / Barker, J.D. / Kahmann, J. / Hesterkamp, T. / Schade, M.

履歴

登録	2009年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gok.cif.gz	695.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gok.ent.gz	577.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3gok_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gok_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	3gok_validation.xml.gz	125.8 KB	表示
CIF形式データ	3gok_validation.cif.gz	165.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/3gok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/3gok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jbpS 1kwp 1ny3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kc3-d 2jbp-d 3a2c-d 3wi6-1 1ny3-2 1nxk-5 3fpm-2 2pzy-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
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サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MAP kinase-activated protein kinase 2

B: MAP kinase-activated protein kinase 2

C: MAP kinase-activated protein kinase 2

D: MAP kinase-activated protein kinase 2

E: MAP kinase-activated protein kinase 2

F: MAP kinase-activated protein kinase 2

G: MAP kinase-activated protein kinase 2

H: MAP kinase-activated protein kinase 2

I: MAP kinase-activated protein kinase 2

J: MAP kinase-activated protein kinase 2

K: MAP kinase-activated protein kinase 2

L: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

464 kDa, 12 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: MAP kinase-activated protein kinase 2

B: MAP kinase-activated protein kinase 2

C: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 3 ポリマー
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3

D: MAP kinase-activated protein kinase 2

E: MAP kinase-activated protein kinase 2

F: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 3 ポリマー
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4

G: MAP kinase-activated protein kinase 2

H: MAP kinase-activated protein kinase 2

I: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 3 ポリマー
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5

J: MAP kinase-activated protein kinase 2

K: MAP kinase-activated protein kinase 2

L: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 3 ポリマー
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6

A: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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7

B: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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8

C: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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9

D: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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10

E: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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11

F: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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12

G: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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13

H: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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14

I: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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15

J: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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16

K: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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17

L: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.208, 183.192, 217.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

#1: タンパク質	MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2 分子量: 38328.238 Da / 分子数: 12 / 断片: Protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 9261, MAPKAPK2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf21 参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-P4O / 2-(2-QUINOLIN-3-YLPYRIDIN-4-YL)-1,5,6,7-TETRAHYDRO-4H-PYRROLO[3,2-C]PYRIDIN-4-ONE / 2-[2-(3-キノリル)ピリジン-4-イル]-1,5,6,7-テトラヒドロ-4H-ピロロ[3,2-c]ピリジン-4-(以下略) 分子量: 340.378 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₆N₄O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 40% ethanol, 5% PEG1000, 100mM phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→46.73 Å / Num. all: 129778 / Num. obs: 91154 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.02 % / R_merge(I) obs: 0.173 / R_sym value: 0.173
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.99 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / R_sym value: 0.012 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.1	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2JBP

2jbp

解像度: 3.2→46.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 52.631 / SU ML: 0.387 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.477 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25817	4642	5 %	RANDOM
R_work	0.23807	-	-	-
obs	0.23909	88052	99.76 %	-
all	-	92915	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.458 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27956	0	312	64	28332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	28923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.981	39010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.502	5	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.87	23.737	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.718	15	5402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.828	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	21464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.741	1.5	17134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.43	2	27834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.499	3	11789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.725	4.5	11176
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1120	tight positional	0.05	0.05
B	1120	tight positional	0.05	0.05
C	1120	tight positional	0.05	0.05
D	1120	tight positional	0.05	0.05
E	1120	tight positional	0.04	0.05
F	1120	tight positional	0.06	0.05
G	1120	tight positional	0.05	0.05
H	1120	tight positional	0.04	0.05
I	1120	tight positional	0.05	0.05
J	1120	tight positional	0.04	0.05
K	1120	tight positional	0.05	0.05
L	1120	tight positional	0.05	0.05
A	1158	medium positional	0.07	0.5
B	1158	medium positional	0.07	0.5
C	1158	medium positional	0.08	0.5
D	1158	medium positional	0.08	0.5
E	1158	medium positional	0.07	0.5
F	1158	medium positional	0.09	0.5
G	1158	medium positional	0.08	0.5
H	1158	medium positional	0.06	0.5
I	1158	medium positional	0.09	0.5
J	1158	medium positional	0.07	0.5
K	1158	medium positional	0.06	0.5
L	1158	medium positional	0.08	0.5
A	1120	tight thermal	0.09	0.5
B	1120	tight thermal	0.07	0.5
C	1120	tight thermal	0.08	0.5
D	1120	tight thermal	0.07	0.5
E	1120	tight thermal	0.06	0.5
F	1120	tight thermal	0.08	0.5
G	1120	tight thermal	0.08	0.5
H	1120	tight thermal	0.06	0.5
I	1120	tight thermal	0.07	0.5
J	1120	tight thermal	0.08	0.5
K	1120	tight thermal	0.07	0.5
L	1120	tight thermal	0.07	0.5
A	1158	medium thermal	0.09	2
B	1158	medium thermal	0.08	2
C	1158	medium thermal	0.09	2
D	1158	medium thermal	0.09	2
E	1158	medium thermal	0.07	2
F	1158	medium thermal	0.09	2
G	1158	medium thermal	0.08	2
H	1158	medium thermal	0.07	2
I	1158	medium thermal	0.07	2
J	1158	medium thermal	0.09	2
K	1158	medium thermal	0.07	2
L	1158	medium thermal	0.08	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	313	-
R_work	0.353	6432	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2195	0.2426	-0.4198	1.8126	-1.2712	3.9275	-0.0198	-0.0653	-0.0595	0.0441	0.0377	0.0202	0.0353	-0.0045	-0.0178	0.2385	-0.0199	-0.0149	0.2186	-0.0347	0.2741	-4.0121	50.8952	13.6268
2	3.2514	1.2701	0.7826	2.047	0.3561	1.5313	-0.0396	0.1162	0.1161	-0.1358	0.0626	0.0256	-0.0836	0.0362	-0.0231	0.164	0.045	0.0337	0.1713	-0.0154	0.1312	7.8722	56.4812	19.4995
3	0.4641	-0.0059	0.6797	0.282	-0.2721	6.1418	-0.0321	0.4152	-0.1789	-0.4235	-0.0265	0.0202	0.5472	-0.4864	0.0586	0.6448	-0.0385	0.011	0.6833	-0.0688	0.5467	18.817	41.1558	36.6509
4	2.7323	0.6147	0.0073	2.7741	-1.5936	2.739	0.0301	0.1692	0.0135	-0.2188	-0.0231	-0.2365	-0.0143	0.1984	-0.0069	0.1591	-0.0057	-0.0239	0.2056	-0.0103	0.1902	28.2288	60.2272	21.8813
5	4.6692	1.2244	1.0872	9.1707	0.5947	2.0879	-0.0086	-0.0085	-0.829	-0.1325	0.0047	-0.1603	0.7631	0.0242	0.0039	0.6281	0.0061	0.0045	0.6446	-0.0027	0.6182	24.6637	61.731	3.7157
6	1.2968	0.5097	-0.4985	2.5974	-1.0847	1.7508	-0.0297	-0.1686	-0.0209	0.225	0.0151	0.1738	0.0472	-0.0802	0.0146	0.225	0.0112	-0.0323	0.3035	-0.0204	0.2517	26.5334	32.5368	66.5482
7	3.4442	0.0871	-1.9021	2.1766	-0.2637	3.498	-0.0039	0.0566	0.0265	-0.1561	0.1445	-0.2899	-0.0056	0.3957	-0.1405	0.2569	0.0318	-0.0876	0.2391	0.0699	0.358	33.0665	37.5457	57.2776
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51	3.7007	-0.406	0.0111	1.2445	-0.1668	1.5472	-0.0078	-0.1291	-0.1615	0.0484	0.0554	0.0459	0.1233	-0.1055	-0.0475	0.4083	-0.0273	0.0009	0.3086	-0.0298	0.3352	15.9351	-35.4627	32.2389
52	2.5368	0.2016	-0.7364	3.8245	-1.3165	4.1889	0.0172	0.0775	0.1983	0.0347	0.0314	-0.0617	-0.2887	0.0528	-0.0485	0.2795	0.0062	-0.0648	0.4036	-0.0591	0.3773	26.9603	-29.8857	28.7728
53	0.3064	0.1844	-0.2176	0.9351	-1.1227	1.9872	0.0687	0.0392	0.4556	0.377	0.1865	0.3197	-1.0201	-0.4281	-0.2552	0.7288	0.0643	0.0196	0.5964	0.0103	0.7056	33.3185	-15.5401	23.6563
54	2.588	0.6562	0.9679	2.6001	-1.8208	2.5779	0.0233	-0.3129	-0.0173	0.3505	-0.0294	-0.098	0.0267	0.1429	0.0062	0.4067	0.0435	-0.0034	0.4414	-0.0092	0.4013	42.2849	-30.2738	39.9484
55	2.6896	-3.5334	-0.5489	5.8406	0.8955	0.5374	0.0255	0.1303	0.6295	-0.1707	-0.032	0.1411	-0.5707	-0.2961	0.0065	0.9329	0.0547	-0.0296	0.8462	0.0203	0.9555	31.5391	-36.4033	53.9383
56	1.2939	-0.8609	0.185	2.9739	-0.655	1.7275	0.0255	-0.0236	-0.233	-0.0487	-0.007	0.0908	0.1489	0.0278	-0.0186	0.2827	-0.0337	0.0111	0.3519	-0.0103	0.3175	49.4105	1.5972	-5.6382
57	3.0833	-0.1342	-0.2766	3.5438	0.5618	4.8277	0.0003	0.1657	-0.2433	-0.1768	-0.0171	-0.0864	0.2119	0.1094	0.0167	0.3063	-0.0333	-0.0227	0.287	0.032	0.3224	52.8689	-7.7814	4.7263
58	0.4533	0.1201	0.2011	4.6081	5.2299	6.2245	-0.0845	-0.3614	0.4153	-0.0094	-0.4814	0.565	-0.3873	-0.6809	0.5659	0.5673	0.0353	-0.0258	0.6346	-0.0949	0.6708	48.7838	-0.5994	26.3319
59	1.7954	-0.1303	-0.782	2.6914	0.4399	2.4045	0.0021	0.2259	-0.5187	-0.0567	0.0049	0.1119	0.4453	-0.12	-0.0071	0.3566	0.0059	-0.0088	0.3451	0.0209	0.3305	48.4405	-22.7443	13.3355
60	0.0685	0.1353	0.0347	3.6959	1.5472	3.8584	-0.0515	0.1564	-0.0879	-0.4184	0.0293	0.4753	0.0018	-0.48	0.0221	0.685	-0.0077	0.0649	0.6353	0.0469	0.6412	55.0185	-26.1935	1.6465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	105 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	231 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	242 - 343
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	344 - 350
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	46 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	193 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	234 - 241
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	242 - 343
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	344 - 350
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	46 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	76 - 212
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	213 - 244
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	245 - 343
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	344 - 350
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	46 - 233
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	234 - 240
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	241 - 265
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	266 - 343
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	344 - 350
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	46 - 191
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	192 - 233
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	234 - 244
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	245 - 344
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	345 - 350
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	46 - 64
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	65 - 230
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	231 - 244
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	245 - 343
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	344 - 350
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	46 - 80
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	81 - 233
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	234 - 241
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	242 - 320
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	321 - 350
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	46 - 104
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	105 - 215
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	227 - 244
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	245 - 343
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	344 - 350
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	46 - 233
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	234 - 241
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	242 - 324
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	325 - 343
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	344 - 350
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	46 - 97
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	98 - 215
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	231 - 241
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	242 - 320
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	321 - 350
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	46 - 176
52	X-RAY DIFFRACTION	52	K	177 - 232
53	X-RAY DIFFRACTION	53	K	233 - 244
54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	245 - 342
55	X-RAY DIFFRACTION	55	K	343 - 350
56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	46 - 161
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	162 - 215
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	227 - 244
59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	245 - 324
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	325 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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