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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gnj | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a thioredoxin-related protein from Desulfitobacterium hafniense DCB | ||||||
要素 | Thioredoxin domain protein | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / APC92103 / thioredoxin (チオレドキシン) / Desulfitobacterium hafniense DCB / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | チオレドキシン / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Thioredoxin domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Volkart, L. / Gu, M. / Kinney, J.N. / Babnigg, G. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a thioredoxin-related protein from Desulfitobacterium hafniense DCB 著者: Tan, K. / Volkart, L. / Gu, M. / Kinney, J.N. / Babnigg, G. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gnj.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gnj.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gnj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B, C and D form dimers respectively. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13127.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア) 株: DCB / 遺伝子: Desulfitobacterium hafniense, Dhaf_4889 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: B8G0E7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.23 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG400 0.1M MES, 0.1M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97942 | |||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.99→26 Å / Num. all: 26104 / Num. obs: 26104 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 22.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→25.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.343 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→25.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.986→2.037 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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