ソフトウェア 名称 分類 CrystalClearデータ収集 CNS精密化 CrystalClearデータ削減 d*TREKデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 1U8D解像度 : 2.15→19.44 Å / Rfactor Rfree error : 0.012 / Data cutoff high absF : 790331.13 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 詳細 : BULK SOLVENT MODEL USEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.283 514 5.3 % RANDOM Rwork 0.238 - - - obs 0.238 9692 90.8 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 53.5171 Å2 / ksol : 0.4 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 40.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.47 Å2 0 Å2 -3.92 Å2 2- - -6.01 Å2 0 Å2 3- - - 3.54 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.47 Å 0.33 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.47 Å 0.34 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.15→19.44 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1422 72 110 1604
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21.1 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.47 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error : 0.043 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.416 92 5.7 % Rwork 0.321 1529 - obs - - 91.3 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 water_rep.paramwater_rep.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep_revise.param dna-rna_rep_revise.top X-RAY DIFFRACTION 3 ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION 4 cohex_rep.paramcohex_rep.topX-RAY DIFFRACTION 5 OMG.paramOMG.top