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万見
- PDB-3g96: Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g96
タイトルCrystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to MaN6P
要素
  • GLMS RIBOZYME
  • RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
  • U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
キーワードRNA binding protein/RNA / catalytic RNA (リボザイム) / RNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6MN / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
syntetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Strobel, S.A. / Cochrane, J.C. / Lipchock, S.V. / Smith, K.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and chemical basis for glucosamine 6-phosphate binding and activation of the glmS ribozyme
著者: Cochrane, J.C. / Lipchock, S.V. / Smith, K.D. / Strobel, S.A.
履歴
登録2009年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年2月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52018年4月11日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.82024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
E: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
P: GLMS RIBOZYME
B: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
F: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
Q: GLMS RIBOZYME
C: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
G: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
R: GLMS RIBOZYME
D: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
H: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
S: GLMS RIBOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,04922
ポリマ－244,57112
非ポリマー47810
水2,414134
1
A: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
E: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
P: GLMS RIBOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1433
ポリマ－61,1433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
F: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
Q: GLMS RIBOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4757
ポリマ－61,1433
非ポリマー3324
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
G: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
R: GLMS RIBOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2899
ポリマ－61,1433
非ポリマー1466
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
H: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
S: GLMS RIBOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1433
ポリマ－61,1433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.401, 232.369, 104.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C
13E
23H
14F
24G
15P
25S
16Q
26R

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 905 - 90
21DD5 - 905 - 90
12BB5 - 905 - 90
22CC5 - 905 - 90
13EE1 - 131 - 13
23HH1 - 131 - 13
14FF1 - 131 - 13
24GG1 - 131 - 13
15PP1 - 1411 - 141
25SS1 - 1411 - 141
16QQ1 - 1411 - 141
26RR1 - 1411 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 8分子 EFGHPQRS

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')


分子量: 4177.608 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 由来: (合成) syntetic construct (人工物)
#3: RNA鎖
GLMS RIBOZYME


分子量: 45624.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcribed from a DNA template / 由来: (合成) syntetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 4 / 断片: RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98) / 変異: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09012
#4: 糖 ChemComp-6MN / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / Mannosamine-6-phosphate / 6-O-phosphono-alpha-D-mannosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-mannose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-ManpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 143分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射モノクロメーター: Si(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 41443 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 8.471
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.113.90.77940230.984190.6
3.11-3.233.90.38540261.046191
3.23-3.383.90.30440481.049189.5
3.38-3.563.90.30240331.05192
3.56-3.783.90.21240751.029191.5
3.78-4.073.80.16941141.044192.2
4.07-4.483.80.15441641.025193.8
4.48-5.133.90.13342241.037194.3
5.13-6.463.90.12243351.045196.7
6.46-5040.09644010.999197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 3.01→34.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 27.425 / SU ML: 0.516 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.624 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 2127 5.1 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.258 41406 92.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.89 Å2 / Biso mean: 80.025 Å2 / Biso min: 25.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å2-1.06 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→34.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 13081 25 134 16104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.02117597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7332.84526731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.697319612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9875360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.79323.636132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9715564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.23504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.029481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1421.51819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.011.5748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.25922930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.458315778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8194.523801
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1313MEDIUM POSITIONAL0.350.5
1A1313MEDIUM THERMAL0.032
2B1312MEDIUM POSITIONAL0.250.5
2B1312MEDIUM THERMAL0.042
3E366MEDIUM POSITIONAL0.20.5
3E366MEDIUM THERMAL0.062
4F385MEDIUM POSITIONAL0.390.5
4F385MEDIUM THERMAL0.092
5P4121MEDIUM POSITIONAL0.240.5
5P4121MEDIUM THERMAL0.052
6Q4164MEDIUM POSITIONAL0.240.5
6Q4164MEDIUM THERMAL0.092
LS精密化 シェル解像度: 3.007→3.085 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 166 -
Rwork0.37 2587 -
all-2753 -
obs--83.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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