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万見
- PDB-3fv1: Crystal Structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fv1
タイトルCrystal Structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-binding core in complex with dysiherbaine in space group P1
要素Glutamate receptor, ionotropic kainate 1グルタミン酸受容体
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Natural compound (天然物化学) / glutamate receptor (グルタミン酸受容体) / ligand (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / postsynaptic density membrane ...Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane / nervous system development / chemical synaptic transmission / intracellular membrane-bounded organelle / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DYH / Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Unno, M. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Binding and Selectivity of the Marine Toxin Neodysiherbaine A and Its Synthetic Analogues to GluK1 and GluK2 Kainate Receptors.
著者: Unno, M. / Shinohara, M. / Takayama, K. / Tanaka, H. / Teruya, K. / Doh-Ura, K. / Sakai, R. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,55212
ポリマ－58,1872
非ポリマー1,36510
水8,323462
1
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7826
ポリマ－29,0931
非ポリマー6895
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7706
ポリマ－29,0931
非ポリマー6775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.486, 50.740, 63.252
Angle α, β, γ (deg.)80.08, 84.18, 62.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / グルタミン酸受容体 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 / Excitatory amino acid receptor 3 / EAA3


分子量: 29093.441 Da / 分子数: 2
断片: ligand-binding domain, UNP residues 445-559, 682-820
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属: GRIK1, GLUR5 / プラスミド: pCold-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39086
#2: 化合物 ChemComp-DYH / (2R,3aR,6S,7R,7aR)-2-[(2S)-2-amino-2-carboxyethyl]-6-hydroxy-7-(methylamino)hexahydro-2H-furo[3,2-b]pyran-2-carboxylic acid / ジシヘルバイン


分子量: 304.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N2O7
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 35% PEG3350, 0.3M LiSO4, 5mM dysiherbaine, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 79411 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 7741 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZNT

2znt


解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.2 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18895 4011 5.1 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.17154 75397 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20.16 Å2-0.02 Å2
2---0.25 Å2-0.04 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 85 462 4701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.71
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.997
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.161
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.682
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 273 -
Rwork0.196 5336 -
obs--92.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54620.0178-0.01030.96420.03240.9239-0.0415-0.0494-0.005-0.01770.0225-0.00610.03950.06680.0189-0.04360.01740.0037-0.03520.0149-0.00370.4075.14218.383
20.74670.1759-0.011.07170.31080.8613-0.07660.09210.0193-0.01150.04280.0568-0.05070.07730.0338-0.0485-0.01930.0018-0.03230.0255-0.00210.51713.645-11.019
31.396-0.2585-0.13321.5068-0.11490.75410.023-0.05980.03830.04650.00770.0525-0.069-0.1118-0.0307-0.03280.0302-0.0026-0.02890.0175-0.0137-16.47322.09421.305
41.0134-0.06650.05921.5025-0.04210.74630.01560.02850.016-0.08250.00770.04150.0672-0.1251-0.0233-0.0436-0.03050.0141-0.02030.02-0.0087-16.43-3.093-14.205
51.469-0.9857-1.12193.25220.08151.0308-0.028-0.09460.05160.11040.00340.1303-0.0241-0.04480.0246-0.0170.0194-0.0154-0.0196-0.00210.0236-7.8529.80211.247
60.65120.98830.884.50020.85141.2674-0.02670.08330.0810.00630.00050.29580.0055-0.13770.0263-0.0229-0.02150.0178-0.0199-0.0110.0432-7.8739.281-4.011
79.56345.7366-4.47583.5753-2.04625.1335-0.1995-0.13250.0421-0.09110.21040.0029-0.04390.0121-0.0109-0.0310.03870.0051-0.03480.01480.0241-7.98515.01320.008
817.2639-6.38197.23343.2028-2.84745.8994-0.00620.2116-0.19240.17960.06880.01250.08120.0855-0.0625-0.0531-0.03370.0221-0.02720.00470.0317-8.0293.986-12.764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A415 - 517
2X-RAY DIFFRACTION1A750 - 790
3X-RAY DIFFRACTION2B415 - 517
4X-RAY DIFFRACTION2B750 - 790
5X-RAY DIFFRACTION3A522 - 746
6X-RAY DIFFRACTION4B522 - 746
7X-RAY DIFFRACTION5A518 - 521
8X-RAY DIFFRACTION5A747 - 749
9X-RAY DIFFRACTION6B518 - 521
10X-RAY DIFFRACTION6B747 - 749
11X-RAY DIFFRACTION7A1
12X-RAY DIFFRACTION8B2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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