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万見
- PDB-3fub: Crystal structure of GDNF-GFRalpha1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fub
タイトルCrystal structure of GDNF-GFRalpha1 complex
要素
  • GDNF family receptor alpha-1GFRα
  • Glial cell line-derived neurotrophic factorグリア細胞株由来神経栄養因子
キーワードHORMONE (ホルモン) / GFRALPHA1 / ALL ALPHA GDNF / CYSTINE KNOT (シスチンノット) / Cell membrane (細胞膜) / Glycoprotein (糖タンパク質) / GPI-anchor (グリコシルホスファチジルイノシトール) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Receptor / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Growth factor (成長因子) / Hirschsprung disease (ヒルシュスプルング病) / Secreted (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


chemoattractant activity involved in axon guidance / postsynaptic membrane organization / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity ...chemoattractant activity involved in axon guidance / postsynaptic membrane organization / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / RET signaling / regulation of morphogenesis of a branching structure / neurotrophin receptor activity / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / enteric nervous system development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / 蠕動 / positive regulation of dopamine secretion / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / organ induction / regulation of stem cell differentiation / plasma membrane protein complex / mRNA stabilization / commissural neuron axon guidance / metanephros development / NCAM1 interactions / RAF/MAP kinase cascade / 神経堤 / branching involved in ureteric bud morphogenesis / RET signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic organ development / エンドソーム / adult locomotory behavior / kidney development / positive regulation of cell differentiation / growth factor activity / neuron differentiation / receptor tyrosine kinase binding / male gonad development / neuron projection development / 遊走 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / signaling receptor activity / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / 遺伝子発現の調節 / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / 神経繊維 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / グリア細胞株由来神経栄養因子 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain ...: / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / グリア細胞株由来神経栄養因子 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリア細胞株由来神経栄養因子 / GDNF family receptor alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Parkash, V. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Comparison of GFL-GFRalpha complexes: further evidence relating GFL bend angle to RET signalling
著者: Parkash, V. / Goldman, A.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDNF family receptor alpha-1
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
C: GDNF family receptor alpha-1
D: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,34710
ポリマ－92,4194
非ポリマー9286
水3,009167
1
A: GDNF family receptor alpha-1
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子

A: GDNF family receptor alpha-1
B: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,23412
ポリマ－92,4194
非ポリマー8158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area29630 Å2
手法PISA
2
C: GDNF family receptor alpha-1
D: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子

C: GDNF family receptor alpha-1
D: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4608
ポリマ－92,4194
非ポリマー1,0414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area7450 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area32010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.200, 84.100, 179.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 GDNF family receptor alpha-1 / GFRα / GFR-alpha-1 / GDNF receptor alpha / GDNFR-alpha / TGF-beta-related neurotrophic factor receptor 1 / ...GFR-alpha-1 / GDNF receptor alpha / GDNFR-alpha / TGF-beta-related neurotrophic factor receptor 1 / RET ligand 1


分子量: 31113.260 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 145-425 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q62997
#2: タンパク質 Glial cell line-derived neurotrophic factor / グリア細胞株由来神経栄養因子 / Astrocyte-derived trophic factor / ATF / hGDNF


分子量: 15096.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDNF / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: Spodoptera Frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P39905

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 171分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 15% PEG4000, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES buffer pH 6, Vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→42 Å / Num. all: 31756 / Num. obs: 30497 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.09
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 91.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2V5E

2v5e


解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.56 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28021 1358 5 %RANDOM
Rwork0.22554 ---
obs0.22834 25681 97.05 %-
all-31756 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.19 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4561 0 59 167 4787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0214720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.9686385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4935588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86923.645214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91815787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7371538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8391.52950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56124722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30131770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6554.51663
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 82 -
Rwork0.256 1773 -
obs--90.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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