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- PDB-3fu2: Cocrystal structure of a class-I preQ1 riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fu2
タイトルCocrystal structure of a class-I preQ1 riboswitch
要素PreQ1 riboswitch
キーワードRNA (リボ核酸) / aptamer (アプタマー) / riboswitch (リボスイッチ) / queuosine / PreQ1
機能・相同性7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Klein, D.J. / Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Cocrystal structure of a class I preQ1 riboswitch reveals a pseudoknot recognizing an essential hypermodified nucleobase
著者: Klein, D.J. / Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PreQ1 riboswitch
B: PreQ1 riboswitch
C: PreQ1 riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,40515
ポリマ－32,5073
非ポリマー89812
水37821
1
A: PreQ1 riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2157
ポリマ－10,8361
非ポリマー3806
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PreQ1 riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0954
ポリマ－10,8361
非ポリマー2593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PreQ1 riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0954
ポリマ－10,8361
非ポリマー2593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.208, 78.208, 85.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-906-

CA

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要素

#1: RNA鎖 PreQ1 riboswitch /


分子量: 10835.524 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized RNA corresponding to the natural sequence from Bacillus subtilis
#2: 化合物 ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 550 MME, 50 mM CaCl2, 100 mM Hepes-KOH pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 550 MME11
2CaCl211
3Hepes-KOH11
4PEG 550 MME12
5CaCl212
6Hepes-KOH1

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. all: 7147 / Num. obs: 7147 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2669 390 Random
Rwork0.2144 --
all-7122 -
obs-7122 -
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low5 Å-
Luzzati sigma a0.65 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1988 48 21 2057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.053

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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