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- PDB-3fs2: Crystal structure of 2-Dehydro-3-Deoxyphosphooctonate aldolase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fs2
タイトルCrystal structure of 2-Dehydro-3-Deoxyphosphooctonate aldolase from Bruciella melitensis at 1.85A resolution
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / BRUCIELLLA MELITENSIS / DAHP SYNTHETASE I / 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE / Cytoplasm (細胞質) / Lipopolysaccharide biosynthesis / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-Dehydro-3-Deoxyphosphooctonate aldolase from Bruciella melitensis at 1.85A resolution
著者: SSGCID
履歴
登録2009年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4807
ポリマ－63,7072
非ポリマー7735
水5,639313
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,95914
ポリマ－127,4144
非ポリマー1,54510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area34530 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.530, 75.640, 74.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-433-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 31853.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: 3787797, BMEI0850, kdsA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8YHF1, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG+ SCREEN D3: 100MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 50% PEG 200, 200MM NACL, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WESTBROOK NOIR / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 45916 / Num. obs: 45916 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.22
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3021 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb coordinate set 1fws, monomer after sidechain adjustment with chainsaw

1fws


解像度: 1.85→19.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.826 / SU ML: 0.085 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2366 5.2 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.179 45914 --
obs0.179 45914 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20.18 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 40 313 4131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9815257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99336341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9945506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92424.476143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10915634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2411519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0071.52531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2751.51021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77324056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68231349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3764.51198
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 169 -
Rwork0.325 2820 -
obs--87.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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