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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fhf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine DNA glycosylase (MjOgg) | ||||||
要素 | N-glycosylase/DNA lyase | ||||||
キーワード | DNA repair (DNA修復) / HYDROLASE (加水分解酵素) / LYASE (リアーゼ) / ogg / helix-hairpin-helix / glycosylase / 8-oxoguanine (8-オキソグアニン) / 8-oxoG / MjOgg / DNA damage (DNA修復) / Glycosidase / Multifunctional enzyme / Nuclease (ヌクレアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / 塩基除去修復 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.995 Å | ||||||
データ登録者 | Faucher, F. / Doublie, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Crystal structures of two archaeal 8-oxoguanine DNA glycosylases provide structural insight into guanine/8-oxoguanine distinction. 著者: Faucher, F. / Duclos, S. / Bandaru, V. / Wallace, S.S. / Doublie, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fhf.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fhf.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fhf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fhf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25825.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: 1451601, MJ0724, ogg / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q58134, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: PEG 4000 30%, 0.1M sodium citrate, 1% b-Mercaptoethanol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794, 0.9796, 0.97166 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月19日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.995→19.56 Å / Num. all: 29750 / Num. obs: 28691 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 15.43 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.995→2.1 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 8.23 / Num. unique all: 4041 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.995→19.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 2736238 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. BULK SOLVENT MODEL USED in refinement.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.01 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.48 Å2 / Biso mean: 24.682 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.995→19.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.995→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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