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- PDB-3fcu: Structure of headpiece of integrin aIIBb3 in open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fcu
タイトルStructure of headpiece of integrin aIIBb3 in open conformation
要素
  • Integrin beta-3Integrin beta 3
  • Integrin, alpha 2bインテグリン
キーワードCell Adhesion/BLOOD CLOTTING / CRYSTAL STRUCTURE (結晶構造) / PLATELET INTEGRIN ALPHAIIBBETA3 / FIBRINOGEN BINDING (フィブリノゲン) / ALLOSTERY (アロステリック効果) / THERAPEUTIC ANTAGONISM / Cell adhesion (細胞接着) / Integrin (インテグリン) / Membrane (生体膜) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Host-virus interaction / Phosphoprotein / Cell Adhesion-immune System COMPLEX / Cell Adhesion-BLOOD CLOTTING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / glycinergic synapse / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell-substrate junction assembly / mesodermal cell differentiation / angiogenesis involved in wound healing / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / wound healing, spreading of epidermal cells / apoptotic cell clearance / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / Syndecan interactions / negative chemotaxis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / activation of protein kinase activity / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / 着床 / positive regulation of endothelial cell proliferation / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / positive regulation of endothelial cell migration / protein kinase C binding / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / wound healing / 細胞接着 / 血小板 / 凝固・線溶系 / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / regulation of protein localization
類似検索 - 分子機能
ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : ...ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhu, J. / Luo, B.-H. / Xiao, T. / Zhang, C. / Nishida, N. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structure of a complete integrin ectodomain in a physiologic resting state and activation and deactivation by applied forces.
著者: Zhu, J. / Luo, B.H. / Xiao, T. / Zhang, C. / Nishida, N. / Springer, T.A.
履歴
登録2008年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrin, alpha 2b
B: Integrin beta-3
C: Integrin, alpha 2b
D: Integrin beta-3
E: Integrin, alpha 2b
F: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,07544
ポリマ－301,4576
非ポリマー5,61838
水5,368298
1
A: Integrin, alpha 2b
B: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,48615
ポリマ－100,4862
非ポリマー2,00113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area39170 Å2
手法PISA
2
C: Integrin, alpha 2b
D: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,32415
ポリマ－100,4862
非ポリマー1,83813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area39010 Å2
手法PISA
3
E: Integrin, alpha 2b
F: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,26514
ポリマ－100,4862
非ポリマー1,77912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area38830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)332.093, 332.093, 88.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
12A
22C
32E
13A
23C
33E
14B
24D
34F
15B
25D
35F
16B
26D
36F
17B
27D
37F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNLYSLYS5AA2 - 272 - 27
211ASNASNLYSLYS5CC2 - 272 - 27
311ASNASNLYSLYS5EE2 - 272 - 27
121VALVALLEULEU4AA33 - 4333 - 43
221VALVALLEULEU4CC33 - 4333 - 43
321VALVALLEULEU4EE33 - 4333 - 43
131GLNGLNTYRTYR4AA47 - 20747 - 207
231GLNGLNTYRTYR4CC47 - 20747 - 207
331GLNGLNTYRTYR4EE47 - 20747 - 207
141PROPROLEULEU4AA209 - 212209 - 212
241PROPROLEULEU4CC209 - 212209 - 212
341PROPROLEULEU4EE209 - 212209 - 212
151VALVALLEULEU4AA216 - 221216 - 221
251VALVALLEULEU4CC216 - 221216 - 221
351VALVALLEULEU4EE216 - 221216 - 221
112ASPASPASPASP5AA224 - 271224 - 271
212ASPASPASPASP5CC224 - 271224 - 271
312ASPASPASPASP5EE224 - 271224 - 271
113LEULEUGLNGLN5AA280 - 451280 - 451
213LEULEUGLNGLN5CC280 - 451280 - 451
313LEULEUGLNGLN5EE280 - 451280 - 451
114GLYGLYTHRTHR5BB1 - 71 - 7
214GLYGLYTHRTHR5DD1 - 71 - 7
314GLYGLYTHRTHR5FF1 - 71 - 7
124SERSERPROPRO5BB11 - 3211 - 32
224SERSERPROPRO5DD11 - 3211 - 32
324SERSERPROPRO5FF11 - 3211 - 32
134PROPROPROPRO5BB36 - 5736 - 57
234PROPROPROPRO5DD36 - 5736 - 57
334PROPROPROPRO5FF36 - 5736 - 57
144ASPASPALAALA5BB434 - 436434 - 436
244ASPASPALAALA5DD434 - 436434 - 436
344ASPASPALAALA5FF434 - 436434 - 436
115VALVALGLUGLU5BB58 - 10858 - 108
215VALVALGLUGLU5DD58 - 10858 - 108
315VALVALGLUGLU5FF58 - 10858 - 108
125SERSERCYSCYS5BB353 - 433353 - 433
225SERSERCYSCYS5DD353 - 433353 - 433
325SERSERCYSCYS5FF353 - 433353 - 433
116ASPASPARGARG5BB109 - 352109 - 352
216ASPASPARGARG5DD109 - 352109 - 352
316ASPASPARGARG5FF109 - 352109 - 352
117CYSCYSARGARG5BB437 - 461437 - 461
217CYSCYSARGARG5DD437 - 461437 - 461
317CYSCYSARGARG5FF437 - 461437 - 461

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
詳細heter-dimer

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Integrin, alpha 2b / インテグリン


分子量: 49515.965 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 32-488, headpiece / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q17R67, UniProt: P08514*PLUS
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Integrin beta 3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 50969.664 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 27-487 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
糖 , 3種, 11分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 325分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 8000, 0.4 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月4日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: RH-COATED SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 122126 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.602 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VDR

2vdr


解像度: 2.9→44.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 20.427 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19741 3098 2.6 %RANDOM
Rwork0.17373 ---
obs0.17436 115380 95.21 %-
all-118478 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.254 Å / Luzzati sigma a free: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20990 0 323 298 21611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02221878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6571.97629791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6453.00435772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54152726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40724.123992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.696153425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5715143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.23301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02124519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.238813556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.36185536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8871621825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53688322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.194167964
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2483MEDIUM POSITIONAL0.280.5
1C2483MEDIUM POSITIONAL0.20.5
1E2483MEDIUM POSITIONAL0.220.5
1A197LOOSE POSITIONAL0.35
1C197LOOSE POSITIONAL0.255
1E197LOOSE POSITIONAL0.335
1A2483MEDIUM THERMAL0.32
1C2483MEDIUM THERMAL0.32
1E2483MEDIUM THERMAL0.312
1A197LOOSE THERMAL0.1910
1C197LOOSE THERMAL0.210
1E197LOOSE THERMAL0.1910
2A280MEDIUM POSITIONAL0.110.5
2C280MEDIUM POSITIONAL0.080.5
2E280MEDIUM POSITIONAL0.10.5
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2E329LOOSE POSITIONAL0.165
2A280MEDIUM THERMAL0.322
2C280MEDIUM THERMAL0.272
2E280MEDIUM THERMAL0.322
2A329LOOSE THERMAL0.2510
2C329LOOSE THERMAL0.2710
2E329LOOSE THERMAL0.2310
3A994MEDIUM POSITIONAL0.090.5
3C994MEDIUM POSITIONAL0.090.5
3E994MEDIUM POSITIONAL0.090.5
3A1164LOOSE POSITIONAL0.175
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3E1164LOOSE POSITIONAL0.155
3A994MEDIUM THERMAL0.272
3C994MEDIUM THERMAL0.222
3E994MEDIUM THERMAL0.262
3A1164LOOSE THERMAL0.1810
3C1164LOOSE THERMAL0.1910
3E1164LOOSE THERMAL0.1710
4A316MEDIUM POSITIONAL0.170.5
4C316MEDIUM POSITIONAL0.110.5
4E316MEDIUM POSITIONAL0.120.5
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4E362LOOSE POSITIONAL0.25
4A316MEDIUM THERMAL0.162
4C316MEDIUM THERMAL0.172
4E316MEDIUM THERMAL0.142
4A362LOOSE THERMAL0.1510
4C362LOOSE THERMAL0.1410
4E362LOOSE THERMAL0.110
5B744MEDIUM POSITIONAL0.110.5
5D744MEDIUM POSITIONAL0.090.5
5F744MEDIUM POSITIONAL0.090.5
5B958LOOSE POSITIONAL0.25
5D958LOOSE POSITIONAL0.215
5F958LOOSE POSITIONAL0.165
5B744MEDIUM THERMAL0.132
5D744MEDIUM THERMAL0.132
5F744MEDIUM THERMAL0.112
5B958LOOSE THERMAL0.110
5D958LOOSE THERMAL0.1110
5F958LOOSE THERMAL0.1110
6B1438MEDIUM POSITIONAL0.090.5
6D1438MEDIUM POSITIONAL0.10.5
6F1438MEDIUM POSITIONAL0.090.5
6B1765LOOSE POSITIONAL0.185
6D1765LOOSE POSITIONAL0.25
6F1765LOOSE POSITIONAL0.215
6B1438MEDIUM THERMAL0.232
6D1438MEDIUM THERMAL0.242
6F1438MEDIUM THERMAL0.212
6B1765LOOSE THERMAL0.2110
6D1765LOOSE THERMAL0.2110
6F1765LOOSE THERMAL0.1810
7B146MEDIUM POSITIONAL0.160.5
7D146MEDIUM POSITIONAL0.210.5
7F146MEDIUM POSITIONAL0.310.5
7B169LOOSE POSITIONAL0.185
7D169LOOSE POSITIONAL0.265
7F169LOOSE POSITIONAL0.35
7B146MEDIUM THERMAL0.072
7D146MEDIUM THERMAL0.072
7F146MEDIUM THERMAL0.072
7B169LOOSE THERMAL0.0610
7D169LOOSE THERMAL0.0610
7F169LOOSE THERMAL0.0710
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.968 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 168 -
Rwork0.279 7316 -
obs--82.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.876-0.1752-0.26041.3721-0.19921.13530.12650.12650.1198-0.1923-0.0026-0.0685-0.24830.0441-0.12380.2822-0.05590.0378-0.23730.061-0.145413.9738329.142123.9453
20.6219-0.20960.00591.87980.19520.65750.0537-0.0875-0.03560.14760.0227-0.3297-0.03080.1241-0.0764-0.02610.0074-0.0993-0.1747-0.0222-0.010639.2886287.59983.5237
30.45980.00330.11131.0875-0.24411.19190.02330.0783-0.02490.06380.0047-0.0714-0.20250.1037-0.02790.0667-0.12340.0584-0.2194-0.0688-0.105537.5458325.6202-24.0282
41.3412-0.2006-0.79590.7866-0.07621.3272-0.040.2563-0.1429-0.07940.09310.3786-0.1794-0.288-0.05320.08550.04890.0123-0.23210.11350.0215-12.5815319.321542.2503
51.31890.48690.05252.78120.50710.77990.1357-0.0156-0.21190.0681-0.11270.36160.06710.0217-0.023-0.06930.0291-0.1137-0.3404-0.01540.041917.5248263.6294-5.7713
61.1280.1304-0.39561.5608-0.05350.8102-0.02280.2596-0.0157-0.23620.0044-0.515-0.06340.54220.01840.0314-0.18710.1770.2489-0.07670.148263.1314323.1791-45.8958
79.4402-3.03554.33723.0206-2.02924.4383-0.2892-0.595-0.4398-0.17280.39250.18490.0005-0.2695-0.1033-0.08230.30060.1142-0.34210.3276-0.069-53.6462340.417440.5821
82.2114-2.36391.96269.252-5.32075.5579-0.1655-0.73290.223-0.2590.29451.0265-0.22270.0992-0.129-0.34770.2519-0.0444-0.4243-0.0140.023123.8454218.65864.5529
99.12264.28843.86535.24923.16014.1269-0.52390.8234-0.7580.35850.5835-0.91640.4717-0.29-0.0596-0.0772-0.20660.1814-0.17120.02950.4928101.4461349.0582-42.0582
107.0648-1.5707-2.22159.60040.29238.0763-0.3055-0.852-0.58060.31560.29120.83780.0077-0.89670.0143-0.18120.3090.0510.01740.4855-0.1037-81.3268357.511733.8367
119.21232.7962-2.31868.5314-0.97734.76460.6355-0.7509-1.2360.037-0.0649-0.0280.3084-0.1036-0.5706-0.41430.28-0.073-0.18050.3151-0.182832.3707188.481915.2911
126.3492-0.6601-0.75034.74082.16127.94420.0817-0.2841-0.49250.30040.5713-1.5356-0.10091.7743-0.653-0.38350.0106-0.11120.0163-0.1681.0591126.9953368.4969-33.9701
133.84572.04242.33139.0251-0.81411.94360.1520.38220.14170.0106-0.3310.68090.325-0.41760.1790.13440.07010.04670.3462-0.03680.2872-92.9542345.974226.4548
145.809-3.8696-0.41556.3359-6.23511.3125-0.0432-0.2513-0.35650.6283-0.11770.07760.0198-0.35710.1608-0.0283-0.088-0.02230.1720.05320.046321.8413182.727228.6945
150.28951.1824-0.2774.8293-1.13150.26510.9178-0.97690.46180.5165-1.1181-0.36610.43290.35850.20030.48650.2384-0.32681.11060.12671.5366139.4097358.7966-25.3761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 452
2X-RAY DIFFRACTION1A2004 - 2006
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 452
4X-RAY DIFFRACTION2C2004 - 2006
5X-RAY DIFFRACTION3E1 - 452
6X-RAY DIFFRACTION3E2004 - 2006
7X-RAY DIFFRACTION4B109 - 352
8X-RAY DIFFRACTION4B2001 - 2003
9X-RAY DIFFRACTION5D109 - 352
10X-RAY DIFFRACTION5D2001 - 2003
11X-RAY DIFFRACTION6F109 - 352
12X-RAY DIFFRACTION6F2001 - 2003
13X-RAY DIFFRACTION7B58 - 108
14X-RAY DIFFRACTION7B353 - 433
15X-RAY DIFFRACTION8D58 - 108
16X-RAY DIFFRACTION8D353 - 433
17X-RAY DIFFRACTION9F58 - 108
18X-RAY DIFFRACTION9F353 - 433
19X-RAY DIFFRACTION10B1 - 57
20X-RAY DIFFRACTION10B434 - 436
21X-RAY DIFFRACTION11D1 - 57
22X-RAY DIFFRACTION11D434 - 436
23X-RAY DIFFRACTION12F1 - 57
24X-RAY DIFFRACTION12F434 - 436
25X-RAY DIFFRACTION13B437 - 461
26X-RAY DIFFRACTION14D437 - 461
27X-RAY DIFFRACTION15F437 - 461

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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