PDB-3fcn: Crystal structure of an alpha-helical protein of unknown function...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fcn

タイトル

Crystal structure of an alpha-helical protein of unknown function (rru_a3208) from rhodospirillum rubrum atcc 11170 at 1.45 A resolution

要素

an alpha-helical protein of unknown function (Pfam01724)

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Duf29 family protein /

structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Uncharcterised protein PF01724 /

Protein from unkown function DUF29 / Domain of unknown function DUF29 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an alpha-helical protein of unknown function (Pfam01724) (YP_428290.1) from RHODOSPIRILLUM RUBRUM ATCC 11170 at 1.45 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fcn.cif.gz	54.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fcn.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/3fcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/3fcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nqv-2 1q9e-d 4rt0-d 5nqs-d 3n72-d 1npp-4 5nqv-1 3ltl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 383760

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: an alpha-helical protein of unknown function (Pfam01724)

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: an alpha-helical protein of unknown function (Pfam01724)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.707, 54.561, 57.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	an alpha-helical protein of unknown function (Pfam01724) 分子量: 18730.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3208, YP_428290.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q2RPE2
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.0000M NaCitrate, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97882,0.97828

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97882	1
3	0.97828	1

反射

解像度: 1.45→26.343 Å / Num. obs: 39973 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.896 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 5.67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.45-1.49	3.6	0.549	1.3	10528	2899	0.549	100
1.49-1.53	3.6	0.439	1.7	10350	2845	0.439	100
1.53-1.57	3.6	0.395	1.9	10045	2759	0.395	100
1.57-1.62	3.6	0.341	2.2	9833	2700	0.341	100
1.62-1.67	3.7	0.28	2.6	9478	2594	0.28	100
1.67-1.73	3.6	0.249	2.9	9278	2548	0.249	100
1.73-1.8	3.6	0.211	3.5	8863	2429	0.211	100
1.8-1.87	3.6	0.171	4.2	8586	2353	0.171	100
1.87-1.96	3.6	0.14	5.2	8242	2261	0.14	100
1.96-2.05	3.6	0.105	6.6	7839	2161	0.105	100
2.05-2.16	3.6	0.089	7.6	7513	2071	0.089	100
2.16-2.29	3.6	0.084	7.8	7117	1972	0.084	100
2.29-2.45	3.6	0.08	7.8	6610	1836	0.08	100
2.45-2.65	3.6	0.075	8.4	6251	1727	0.075	100
2.65-2.9	3.6	0.063	9.8	5774	1594	0.063	100
2.9-3.24	3.6	0.055	10.6	5266	1455	0.055	100
3.24-3.74	3.6	0.055	10.6	4636	1288	0.055	100
3.74-4.59	3.5	0.051	11.8	3937	1110	0.051	99.9
4.59-6.48	3.5	0.053	11.4	3042	872	0.053	99.4
6.48-29.67	3.2	0.047	12.2	1599	499	0.047	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0053	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.45→26.343 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU B: 2.235 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	2002	5 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.162	39934	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.46 Å² / B_iso mean: 17.817 Å² / B_iso min: 6.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→26.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1247	0	0	299	1546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.963	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.892	3	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.796	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.226	22.941	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.708	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.694	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.63	3	903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.455	3	352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.635	5	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.934	8	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.001	11	568

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	135	-
R_work	0.251	2760	-
all	-	2895	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.0339 Å / Origin y: 2.2383 Å / Origin z: 34.1256 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0062 Å²	-0.0022 Å²	0 Å²	-	0.0018 Å²	-0.0012 Å²	-	-	0.0038 Å²
L	0.3795 °²	-0.0717 °²	0.2273 °²	-	0.1958 °²	-0.0982 °²	-	-	0.6527 °²
S	0.0129 Å °	-0.0182 Å °	0.0107 Å °	-0.0121 Å °	-0.0001 Å °	0.0217 Å °	0.0054 Å °	-0.0096 Å °	-0.0128 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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