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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fau | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human small-MutS related domain | ||||||
要素 | NEDD4-binding protein 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / smr / small-MutS related domain / nicking endonuclease / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ATP-binding / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoplasm (細胞質) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Ubl conjugation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / 加水分解酵素 / DNA endonuclease activity / ubiquitin binding / endonuclease activity / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, T.G. / Kwon, T.H. / Ryu, E.K. / Min, K. / Heo, S.-D. / Song, K.M. / Jun, W.J. / Jung, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Strcutral Dynamincs of the Endonuclease Small-MutS Related Domains of BCL3 binding protein 著者: Kim, T.G. / Kwon, T.H. / Ban, C. / Ku, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fau.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fau.ent.gz | 58.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fau.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fau | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2d9iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9157.736 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Hela cDNA / 遺伝子: B3BP, KIAA1413, N4BP2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86UW6, 加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 % / 解説: The file contains Friedel pairs. / Mosaicity: 0.24 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 42988 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.241 / Net I/σ(I): 46.607 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Num. unique all: 3817 / Χ2: 0.692 / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 2D9I 解像度: 1.9→44.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.84 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: The file contains Friedel pairs.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.987 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.09 Å2 / Biso mean: 22.518 Å2 / Biso min: 6.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.419 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 51 %
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