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- PDB-3f2f: Crystal structure of the mercury-bound form of MerB, the Organome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f2f
タイトルCrystal structure of the mercury-bound form of MerB, the Organomercurial Lyase involved in a bacterial mercury resistance system
要素Alkylmercury lyase
キーワードLYASE / merb / organomercurial lyase / alkylmercury lyase / mercury resistance / Mercuric resistance / Plasmid
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylmercury lyase / alkylmercury lyase activity / response to mercury ion
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #410 / Alkylmercury lyase, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / Alkylmercury lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Lafrance-Vanasse, J. / Lefebvre, M. / Di Lello, P. / Sygusch, J. / Omichinski, J.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of the Organomercurial Lyase MerB in Its Free and Mercury-bound Forms: INSIGHTS INTO THE MECHANISM OF METHYLMERCURY DEGRADATION
著者: Lafrance-Vanasse, J. / Lefebvre, M. / Di Lello, P. / Sygusch, J. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2008年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkylmercury lyase
B: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5985
ポリマ－46,1172
非ポリマー4813
水4,071226
1
A: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2592
ポリマ－23,0581
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3393
ポリマ－23,0581
非ポリマー2802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.108, 88.836, 51.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alkylmercury lyase / Organomercurial lyase


分子量: 23058.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: merB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: P77072, alkylmercury lyase
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.92 %
結晶化温度: 296 K / pH: 5.5
詳細: 20% polyethylene glycol 2000 MME, 0.2 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.0084
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0084 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→25 Å / Num. obs: 45866 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.04 Å2 / Rsym value: 0.105
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F0O

1f0o


解像度: 1.98→24.38 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 3845 8.59 %
Rwork0.173 --
obs0.176 44750 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.01 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3841 Å20 Å21.73 Å2
2---0.2542 Å2-0 Å2
3----0.1299 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→24.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 0 3 226 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d03160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.994309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.491115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.00520.20541020.17521137X-RAY DIFFRACTION70
2.0052-2.03160.23341350.16041397X-RAY DIFFRACTION94
2.0316-2.05940.24371390.16521491X-RAY DIFFRACTION94
2.0594-2.08880.23841410.171491X-RAY DIFFRACTION95
2.0888-2.120.21071450.1691507X-RAY DIFFRACTION95
2.12-2.15310.26671390.16441480X-RAY DIFFRACTION95
2.1531-2.18830.2471370.17741461X-RAY DIFFRACTION96
2.1883-2.2260.2121520.16961547X-RAY DIFFRACTION96
2.226-2.26650.23181420.16131471X-RAY DIFFRACTION96
2.2665-2.31010.19481450.15921526X-RAY DIFFRACTION97
2.3101-2.35720.22851430.16691529X-RAY DIFFRACTION97
2.3572-2.40840.22551430.16931516X-RAY DIFFRACTION98
2.4084-2.46440.22551450.17731534X-RAY DIFFRACTION98
2.4644-2.52590.23621430.17951561X-RAY DIFFRACTION97
2.5259-2.59410.22471420.18341514X-RAY DIFFRACTION98
2.5941-2.67040.25771470.17541561X-RAY DIFFRACTION99
2.6704-2.75650.24531380.19261542X-RAY DIFFRACTION99
2.7565-2.85480.25531460.18531551X-RAY DIFFRACTION99
2.8548-2.9690.23251470.18281561X-RAY DIFFRACTION99
2.969-3.10380.21761440.17011556X-RAY DIFFRACTION100
3.1038-3.26710.20241470.16461569X-RAY DIFFRACTION100
3.2671-3.47130.1821490.16271572X-RAY DIFFRACTION100
3.4713-3.73840.19751450.16261554X-RAY DIFFRACTION100
3.7384-4.1130.18241500.15251571X-RAY DIFFRACTION100
4.113-4.70440.19261500.15821588X-RAY DIFFRACTION100
4.7044-5.91310.19371460.17971544X-RAY DIFFRACTION100
5.9131-24.38320.21430.19041574X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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