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- PDB-3f1j: Crystal structure of the Borna disease virus matrix protein (BDV-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f1j
タイトルCrystal structure of the Borna disease virus matrix protein (BDV-M) reveals RNA binding properties
要素Matrix protein基質タンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Viral matrix protein (基質タンパク質) / RNA binding (リボ核酸) / membrane binding / Viruses (ウイルス) / ssRNA negative-strand viruses / Mononegavirales (モノネガウイルス目) / Bornaviridae / Bornavirus / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Virion (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component => GO:0044423 / virion component / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Borna disease virus, matrix protein / Matrix protein, Bornaviridae / Matrix protein superfamily / ssRNA-binding matrix protein of Bornaviridae / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 基質タンパク質 / 基質タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Borna disease virus (ボルナ病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Neumann, P. / Lieber, D. / Meyer, S. / Dautel, P. / Kerth, A. / Kraus, I. / Garten, W. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the Borna disease virus matrix protein (BDV-M) reveals ssRNA binding properties
著者: Neumann, P. / Lieber, D. / Meyer, S. / Dautel, P. / Kerth, A. / Kraus, I. / Garten, W. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9835
ポリマ－16,3721
非ポリマー6114
水70339
1
A: Matrix protein
ヘテロ分子

A: Matrix protein
ヘテロ分子

A: Matrix protein
ヘテロ分子

A: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,93220
ポリマ－65,4864
非ポリマー2,44616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
Buried area12500 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area26200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.570, 143.570, 143.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-303-

SO4

31A-228-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein / 基質タンパク質 / gp18 / p16


分子量: 16371.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borna disease virus (ボルナ病ウイルス)
遺伝子: M / プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52637, UniProt: P0C794*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 8000, 0.5M Li2SO4, 0.1M Tris/HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.9500, 0.97920, 0.97950
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
20.97921
30.97951
Reflection数: 59411 / Rmerge(I) obs: 0.091 / D res high: 2.59 Å / Num. obs: 14675 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
102021188.310.066
61092198.210.069
5687999.410.068
45196799.610.071
34552999.910.109
2.83218899.610.315
2.72.8135899.310.469
2.592.7162294.410.628
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 7660 / Num. obs: 7570 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.46 % / Biso Wilson estimate: 67.809 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.97
反射 シェル解像度: 2.65→2.8 Å / 冗長度: 7.68 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured obs: 8630 / Num. unique all: 1133 / Num. unique obs: 1123 / Rsym value: 0.671 / % possible all: 99.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→19.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.836 / Data cutoff high absF: 11301727 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 570 7.6 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.221 7660 --
obs0.221 7491 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.411 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 106.19 Å2 / Biso mean: 61.819 Å2 / Biso min: 35.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1182 0 36 39 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 67 7.5 %
Rwork0.275 831 -
all-898 -
obs-898 95.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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