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- PDB-3erp: Structure of IDP01002, a putative oxidoreductase from and essenti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3erp
タイトルStructure of IDP01002, a putative oxidoreductase from and essential gene of Salmonella typhimurium
要素Putative oxidoreductase酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FUNDED BY THE NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES OF NIH CONTRACT NUMBER HHSN272200700058C / predicted oxidoreductase / essential gene / Salmonella (サルモネラ) / molecular replacement (分子置換) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal catabolic process / D-threo-aldose 1-dehydrogenase activity / voltage-gated ion channel activity / regulation of ion transmembrane transport / potassium ion transport / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Putative oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Singer, A.U. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Brunzelle, J.S. / Kudritska, M. / Edwards, A.M. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / : 2017
タイトル: Structural and biochemical studies of novel aldo-keto reductases for the biocatalytic conversion of 3-hydroxybutanal to 1,3-butanediol.
著者: Kim, T. / Flick, R. / Brunzelle, J. / Singer, A. / Evdokimova, E. / Brown, G. / Joo, J.C. / Minasov, G.A. / Anderson, W.F. / Mahadevan, R. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2008年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年2月15日Group: Database references

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,15926
ポリマ-79,7242
非ポリマー1,43524
15,205844
1
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,637104
ポリマ-318,8978
非ポリマー5,74096
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_544-y+1/2,x-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_454y-1/2,-x+1/2,z-1/21
Buried area35410 Å2
ΔGint-507 kcal/mol
Surface area88530 Å2
手法PISA
2
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,86860
ポリマ-159,4484
非ポリマー3,42056
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area15860 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area47470 Å2
手法PISA
3
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,76944
ポリマ-159,4484
非ポリマー2,32040
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area48170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.096, 127.096, 120.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase / 酸化還元酵素


分子量: 39862.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: no TEV cleavage
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
: LT2 / 遺伝子: STM2406 / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZNA1

-
非ポリマー , 6種, 868分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6AsO2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: crystallized in 0.2 M Calcium Acetate, 9% PEG8000 and 0.1 M Sodium Cacodylate. Cryoprotected with 25% ethylene glycol., pH 6.5, EVAPORATION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 136598 / Num. obs: 132754 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.08
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique all: 13638 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1ZSX was used for MR on a crystal diffracting to 2.15 A on our RAXIS4 home source. The protein atoms from the model refined from that crystal were used for rigid body ...開始モデル: PDB code 1ZSX was used for MR on a crystal diffracting to 2.15 A on our RAXIS4 home source. The protein atoms from the model refined from that crystal were used for rigid body refinement with the new data diffracting to 1.55 A.
解像度: 1.55→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.166 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17771 6743 5.1 %RANDOM. R-free set for the second crystal was imported from the first crystal and extended to 1.55 A
Rwork0.15342 ---
obs0.15465 125986 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4920 0 71 844 5835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9657890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4785742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.25623.612299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.137151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2841556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3091.53478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13725655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.31632306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1914.52235
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.554→1.594 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 410 -
Rwork0.258 7180 -
obs-7590 75.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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