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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3el7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of c-Src in complex with pyrazolopyrimidine 3 | ||||||
要素 | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / c-Src / pyrazolopyrimidine / ATP-binding / Lipoprotein (リポタンパク質) / Myristate (ミリスチン酸) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene (がん遺伝子) / SH2 domain (SH2ドメイン) / SH3 domain (SH3ドメイン) / Tyrosine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / regulation of cell cycle / 細胞接着 / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dar, A.C. / Lopez, M.S. / Shokat, K.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Small molecule recognition of c-Src via the Imatinib-binding conformation. 著者: Dar, A.C. / Lopez, M.S. / Shokat, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3el7.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3el7.ent.gz | 48.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3el7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3el7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3el7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32726.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain: UNP residues 251-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PD3 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 100mM NaCl, 10mM Tris-HCl, 5% Glycerol, 2mM DTT, 4% DMSO, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日 |
放射 | モノクロメーター: cylindrically bent Si(220) single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 7350 / % possible obs: 99.4 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 11.97 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.55 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1YOJ 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 47.7024 Å2 / ksol: 0.369208 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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