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- PDB-3e5f: Crystal Structures of the SMK box (SAM-III) Riboswitch with Se-SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5f
タイトルCrystal Structures of the SMK box (SAM-III) Riboswitch with Se-SAM
要素SMK box (SAM-III) Riboswitch for RNA
キーワードRNA (リボ核酸) / SMK SAM riboswitch Shine-Delgarno translation regulation
機能・相同性Chem-EEM / STRONTIUM ION / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lu, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the SAM-III/S(MK) riboswitch reveal the SAM-dependent translation inhibition mechanism.
著者: Lu, C. / Smith, A.M. / Fuchs, R.T. / Ding, F. / Rajashankar, K. / Henkin, T.M. / Ke, A.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMK box (SAM-III) Riboswitch for RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,16317
ポリマ－17,4021
非ポリマー1,76116
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.776, 96.776, 86.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: RNA鎖 SMK box (SAM-III) Riboswitch for RNA


分子量: 17402.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The RNA is prepared by in vitro transcription
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム


分子量: 87.620 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-EEM / [(3S)-3-amino-4-hydroxy-4-oxo-butyl]-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methyl]-methyl-selanium / Se-ADENOSYLSELENOMETHIONINE


分子量: 446.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N6O5Se
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40 mM sodium cacodylate, 80 mM SrCl, 15% MPD, 2 mM spermine-HCl, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2MPD11
3spermine-HCl11
4sodium cacodylate12
5MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 5520 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 9.3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 71.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 1444146.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, REFMAC WAS ALSO USED FOR REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 538 9.7 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 5519 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.7708 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.04 Å20 Å20 Å2
2---8.04 Å20 Å2
3---16.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1155 42 11 1208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.49
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 74 10.2 %
Rwork0.326 648 -
obs--75.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4gtp.paramgtp.top
X-RAY DIFFRACTION5sesam.paramsesam.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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