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- PDB-1qry: Homeobox protein VND (ventral nervous system defective protein) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qry
タイトルHomeobox protein VND (ventral nervous system defective protein)
要素PROTEIN (HOMEOBOX VENTRAL NERVOUS SYSTEM DEFECTIVE PROTEIN)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neuroblast development / neuroblast fate determination / glial cell development / brain development / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II ...neuroblast development / neuroblast fate determination / glial cell development / brain development / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein vnd
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Xiang, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Distortion of the three-dimensional structure of the vnd/NK-2 homeodomain bound to DNA induced by an embryonically lethal A35T point mutation.
著者: Hwang, K.J. / Xiang, B. / Gruschus, J.M. / Nam, K.Y. / No, K.T. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A.
履歴
登録1999年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_keywords.text
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HOMEOBOX VENTRAL NERVOUS SYSTEM DEFECTIVE PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7471
ポリマ－9,7471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HOMEOBOX VENTRAL NERVOUS SYSTEM DEFECTIVE PROTEIN)


分子量: 9747.162 Da / 分子数: 1 / 断片: vnd/NK2 homeodomain / 変異: A35T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)PLYSS / 参照: UniProt: P22808

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N-1H HSQC
1223D CBCANH
1323D CBCA(CO)NH
1423D HBHA(CO)NH
1523D HNHA
1633D (H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: 3D 15N EDITED NOESY-HSQC, 4D 15N/13C EDITED HMQC-NOESY-HSQC, AND 4D 13C/13C EDITED HMQC-NOESY-HSQC WERE USED FOR OBTAINING NOE RESTRAINTS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.7 MM A35T VND/NK2-DNA COMPLEX; A35T VND/NK2 IS 15N SINGLE-LABELED; 90% H2O, 10% D2O; PH 6.8
20.7 MM A35T VND/NK2-DNA COMPLEX; A35T VND/NK2 IS 15N/13C DOUBLE-LABELED; 90% H2O, 10% D2O; PH 6.8
30.7 MM A35T VND/NK2-DNA COMPLEX; A35T VND/NK2 IS 15N/13C DOUBLE-LABELED; 100% D2O; PH6.8
試料状態pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDELAGLIO解析
X-PLORBRUNGER構造決定
X-PLORBRUNGER精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 1146 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS AND 43 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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