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- PDB-3e2k: Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e2k
タイトルCrystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP)
要素
  • Beta-lactamase inhibitory proteinBeta-lactamase inhibitor protein
  • CarbapenemaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / Beta-lactamase inhibitor protein / protein-protein complex / BLIP / KPC-2 / Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / Hydrolase (加水分解酵素) / Plasmid (プラスミド) / Secreted (分泌) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Β-ラクタマーゼ ...Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase inhibitory protein / Β-ラクタマーゼ / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hanes, M.S. / Jude, K.M. / Berger, J.M. / Bonomo, R.A. / Handel, T.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical characterization of the interaction between KPC-2 beta-lactamase and beta-lactamase inhibitor protein
著者: Hanes, M.S. / Jude, K.M. / Berger, J.M. / Bonomo, R.A. / Handel, T.M.
履歴
登録2008年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbapenemase
B: Carbapenemase
C: Beta-lactamase inhibitory protein
D: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1004
ポリマ－91,1004
非ポリマー00
水3,675204
1
A: Carbapenemase
D: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5502
ポリマ－45,5502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
2
B: Carbapenemase
C: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5502
ポリマ－45,5502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.240, 76.198, 241.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbapenemase / Β-ラクタマーゼ / Class A carbapenemase / Beta-lactamase / Class A carbapenemase KPC-2


分子量: 27993.451 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-293 / 変異: G175S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPC-2, blaKPC-2 / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q93LQ9, UniProt: Q9F663*PLUS, Β-ラクタマーゼ
#2: タンパク質 Beta-lactamase inhibitory protein / Beta-lactamase inhibitor protein / BLIP


分子量: 17556.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35804
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 8000, 4% ethylene glycol, 100mM citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 46315 / Num. obs: 46291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.78 Å
Translation2.5 Å40.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40.777 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2329 5.05 %
Rwork0.1903 --
obs0.1925 46130 99.53 %
all-46315 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.318 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å20 Å2-0 Å2
2--6.256 Å2-0 Å2
3----10.357 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6310 0 0 204 6514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9518784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4532232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13180.24551450.20892390X-RAY DIFFRACTION95
2.1318-2.17820.26651390.20642555X-RAY DIFFRACTION100
2.1782-2.22880.26781310.21342496X-RAY DIFFRACTION99
2.2288-2.28460.29381280.21272587X-RAY DIFFRACTION100
2.2846-2.34630.27071420.2062499X-RAY DIFFRACTION100
2.3463-2.41540.2421340.20262580X-RAY DIFFRACTION100
2.4154-2.49330.3021360.20272526X-RAY DIFFRACTION100
2.4933-2.58240.25031250.20972580X-RAY DIFFRACTION100
2.5824-2.68580.24331300.20782552X-RAY DIFFRACTION100
2.6858-2.8080.25931450.21282564X-RAY DIFFRACTION100
2.808-2.9560.29581360.222591X-RAY DIFFRACTION100
2.956-3.14110.27481500.21362563X-RAY DIFFRACTION100
3.1411-3.38360.22381220.20262600X-RAY DIFFRACTION100
3.3836-3.72390.23911390.1742618X-RAY DIFFRACTION100
3.7239-4.26220.18061440.16272617X-RAY DIFFRACTION100
4.2622-5.3680.18071410.15042665X-RAY DIFFRACTION100
5.368-40.78440.20741420.18492818X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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